Thời kỳ ba năm sau khi chế độ Ngô Đình Diệm bị cơ quan tình báo CIA tổ chức lật đổ, từ 1964 - 1966, thường được gọi là "ba năm xáo trộn", ba năm kinh hoàng của miền Nam VN...Trong thời kỳ này có lúc gần như không còn là chính quyền nữa, nhóm Phật Giáo miền Trung phát xuất từ chùa Từ Đàm ở Huế, hành động dưới danh nghĩa Hội Đồng Nhân Dân Cứu Quốc, rồi Lực Lượng Tranh Thủ Cách Mạng, đã đứng trên và đứng ngoài luật pháp, nắm quyền sinh sát trong tay, muốn bắt ai cứ bắt, muốn phá chỗ nào cứ phá, muốn đốt nơi nào cứ đốt, muốn giết ai cứ ám sát, tự tung tự tác trong cơ quan công quyền, nơi trường học, trên các đường phố... Tổ chức này đã bắt cả Tỉnh Trưởng Quảng Nam và Quận Trưởng Hòa Vang đem đi giam vì không chịu theo phe của họ.
      Nhóm Phật Giáo miền Trung này tin tưởng rằng một khi họ đã lật đổ được Chế độ Ngô Đình Diệm, một chế độ đang vững mạnh tại miền Nam, thì họ có thể làm bất cứ cái gì họ muốn và không một chính quyền nào dám cưỡng lại họ. Say men chiến thắng, nhóm này đã đưa ra nhiều yêu sách buộc chính quyền phải thực hiện ngay. Trước hết là đòi một "quy chế đặc biệt" cho Phật Giáo, rồi đến đòi "diệt dư đảng Cần Lao Thiên Chúa Giáo", đòi đưa các nhân vật Phật Giáo lên nắm chính quyền, đòi cả những điều mà Bắc Việt và Mặt Trận Giải Phóng Miền Nam vẫn nhai đi nhai lại trên đài phát  thanh hàng ngày : Quân đội miền Nam và Hoa kỳ phải đơn phương ngưng chiến, Mỹ rút, thành lập chính phủ liên hiệp, trung lập và không liên kết, v.v. Khi những đòi hỏi phiêu lưu đó không được thỏa mãn, họ phát động thánh chiến vừa bằng chiến tranh chính trị, vừa bằng bạo động và quân sự để cướp chính quyền. Cuộc thánh chiến này dữ dội gấp 10 lần cuộc thánh chiến chống chính phủ Ngô Đình Diệm, đưa tới những hậu quả bi thảm cho cả Phật Giáo lẫn đất nước đến nỗi các "sử gia" Phật Giáo ít ai dám mô tả lại đầy đủ. Tất cả chỉ lẩn quẩn xung quanh cuộc thánh chiến thứ nhất. Sau đây là một số diễn biến của cuộc thánh chiến bi thảm này. Riêng phần thánh chiến để đòi một "quy chế đặc biệt" cho Phật Giáo, chúng tôi sẽ đề cập trong phần nói về cuộc nội chiến. 
MỘT BIẾN CỐ BẤT NGỜ 
Khi tiếng reo mừng chiến thắng của Phật Giáo về biến cố ngày 1.11.1963 chưa dứt thì bỗng nhiên một biến cố mới đã xẩy ra. Tướng Nguyễn Chánh Thi, lúc đó là Tư Lệnh Phó Quân Đoàn I, đã kể lại rằng, sau một thời gian sắp đặt kỹ lưỡng, ngày 29.1.1964 ông cùng với Tướng Nguyễn Khánh, Tư Lệnh Quân Đoàn I và Bộ Tham Mưu Quân Đoàn I vào Saigòn hợp với Thiếu Tướng Dương Văn Đức làm cuộc "chỉnh lý" lật đổ nhóm tướng lãnh đã làm cuộc đảo chính ngày 1.11.1963. Cuộc "chỉnh lý" thành công một cách quá dễ dàng, không tốn một viên đạn nào. Tướng Thi nhận định rằng phải có sự ủng hộ của Hoa Kỳ, Tướng Khánh mới dám hành động như vậy. Ông cho biết chính Lucien Conein đã bay ra Huế gặp Tướng Nguyễn Khánh trước lễ Giáng Sinh năm 1963.
Tướng Nguyễn Khánh đã lên đài phát thanh tuyên bố lý do của cuộc "chỉnh lý" như sau: 
"Từ ba tháng nay, tình hình suy sụp về mọi mặt, chính quyền tỏ ra bất lực và phản cách mạng, một số người chạy theo thực dân và CS, nên một lần nữa Quân Đội lại phải can thiệp".
Các nhà bình luận nhận xét rằng Hoa Kỳ đã để cho Tướng Nguyễn Khánh làm cuộc đảo chánh thứ hai này vì các lý do sau đây:
Lý do thứ nhất là các tướng làm cuộc đảo chánh ngày 1.11.1963 chỉ có khả năng loại trừ chế độ Ngô Đình Diệm chứ không có khả năng cầm quyền. Lý do thứ hai, Hoa Kỳ lo sợ nhóm Phật Giáo miền Trung là một nhóm có lập trường chính trị không rõ ràng, có nhiều tham vọng và bị CS lũng đoạn, có thể dựa vào các tướng lãnh thân họ để gây rối loạn và đưa miền Nam vào một hướng đi khác. Vậy cần phải loại bỏ các tướng làm cuộc đảo chánh ngày 1.11.1963 và giao quyền hành lại cho một nhóm khác có khả năm cầm quyền và có thái độ thân Mỹ hơn. Tài liệu do Ngũ Giác Đài công bố cho biết sau khi cuộc "chỉnh lý" hoàn tất, Đại Sứ Cabot Lodge đã gởi về Washington một bản báo cáo nói rằng khuynh hướng theo chủ trương trung lập của hai tướng Lê Văn Kim và Trần Văn Đôn chưa rõ rệt, nhưng một khi họ đã củng cố được một chính phủ vững mạnh, có lẽ họ sẽ tán thành thành giải pháp trung lập của Pháp. Đại Sứ Cabot Lodge cho biết chính Đại Sứ Ý Di Orlandi, một người sáng suốt nhất ở đây, đã lưu ý hai Tướng Đôn và Kim vẫn còn giữ quốc tịch Pháp, từng là phụ tá của Thống Chế De Lattre và hoạt động đắc lực cho Sở Mật Thám (Service Secret) của Pháp trong quá khứ, cho nên dư luận về chủ trương trung lập hóa miền Nam VN có thể đúng. Ông viết tiếp: 
"Sau hết, tại nước này hiện nay, ít khi có chuyện một cuộc bầu cử là một phương cách hữu hiệu, thích hợp để hoàn tất một vấn đề quan trọng. Để làm những chuyện quan trọng ở đây, phương pháp truyền thống là xử dụng sức mạnh có kế hoạch, có suy nghĩ kỹ càng. Điều mà Tướng Khánh đã làm không làm cho người VN ngạc nhiên ... Tuy nhiên, một số người VN đã nói với các nhân viên trong bộ tham mưu của tôi rằng ông Minh là người tốt, thay thế ông ta là tội nghiệp."

"Vấn đề thiết thực phải đặt ra là Tướng Khánh có khả năng không ? Liệu ông ta có đáp ứng được một số hành động góp phần vào nỗ lực chống cộng hay không ? Cho đến nay, có bằng chứng cho thấy ông ta có khả năng, ông ta không cho một sự chậm trễ nào ...   
"Nếu Tướng Khánh có khả năng thì việc ông lên cầm quyền có thể đem lại cho đất nước này một Bộ Tư Lệnh chỉ có một người duy nhất thay vì một Hội Đồng Quân Nhân. Chúng ta đã có những điều chúng ta cần ở VN."
Hành động của cơ quan tình báo Hoa Kỳ đã làm nhiều chính khách và nhân viên chính phủ Hoa Kỳ ngạc nhiên. Họ tỏ ra nghi ngờ những lời tố giác của Tướng Khánh. Nhưng trong tháng 3 năm 1964, Tổng Thống Johnson đã gởi cho Đại Sứ Cabot Lodge một chỉ thị nói rõ "Phải đánh đổ ý tưởng trung lập hóa ở bất cứ nơi nào nó thò cái đầu dơ dáy của nó ra." Ông yêu cầu Đại Sứ Lodge chuyển mối quan tâm đó đến Tướng Khánh và hỏi ý kiến Tướng Khánh về một kế hoạch chung để chấm dứt ý tưởng trung lập hóa này tại Saigon cũng như ở Washington và Paris. 
Quan điểm nêu trên của ông Cabot Lodge rất quan trọng, nó cho thấy quan niệm của Hoa Kỳ về một chính quyền cần có tại miền Nam VN. Chính quyền đó không có nơi tay các tướng lãnh làm cuộc đảo chánh ngày 1.11.1963 nên Hoa Kỳ đã đi tìm nơi một số tướng lãnh khác. Tướng Khánh là người được chọn trước tiên.  
Trước biến cố bất ngờ ngày 30.1.1964 do Tướng Khánh tạo nên, các nhà lãnh tụ Phật Giáo đã đi từ ngơ ngác đến lo âu, không biết phải phản ứng như thế nào. Nhưng khi thấy thái độ hòa hoãn và mị dân của Tướng Khánh, họ lại tiếp tục lấn lên.
TIỄN ĐƯA MỘT "ÂN NHÂN"  
Khi biến cố chỉnh lý" ngày 30.1.1964 chưa hết gây bàng hoàng trong hàng ngũ nhóm Phật Giáo đấu tranh thì họ lại phải tiễn đưa một người "ân nhân" của Phật Giáo ra đi. Không biết đây là điềm lành hay điềm không lành.
Ngày 23.6.1964 Đại Sứ Cabot Lodge tuyên bố từ chức. Ngày 28.6.1964, ông mặc áo gấm màu xanh có hình chữ Thọ và chít khăn xếp theo y phục cổ truyền VN, rời phi trường Tân Sơn Nhứt. Ra tiễn Đại Sứ, có cả hàng ngàn tăng ni và Phật tử cầm cờ Việt, Mỹ vừa vẫy vừa hoan hô náo nhiệt. Các tăng ni và Phật tử hôm đó không thể biết được rằng người mà họ đang hoan hô nồng nhiệt, sau này sẽ trở lại chỉ huy chôn vùi phong trào đấu tranh của Phật Giáo. Trước khi lên máy bay, Đại Sứ Cabot Lodge đã nói với các ký giả: "Khi từ giã VN, tôi chỉ ân hận có một điều là không cứu sống được ông Diệm". Không ai tin được câu nói đó của một nhà ngoại giao đầy thủ đoạn như ông. Tướng Dương Văn Minh đã kể lại rằng trước khi làm đảo chánh để lật đổ chính phủ Ngô Đình Diệm, Đại Sứ Cabot Lodge đã nói với ông: "Nếu để ông Diệm lưu vong thì bất cứ một Đại Tá nào cũng có thể đảo hành để đưa ông Diệm về". Tuy nhiên, lời tuyên bố của Đại sứ Lodge trước khi rời VN đã làm nhóm Phật Giáo đấu tranh khó chịu. Sau này, nhật báo Chánh Đạo của Phật Giáo đã viện câu đó để chỉ trích chính sách của Hoa Kỳ trong việc để cho Tướng Nguyễn Cao Kỳ đánh tan cuộc nổi loạn của Phật Giáo miền Trung.
Tướng Maxwell D. Taylor đã được cử làm Đại Sứ Hoa Kỳ tại VN Cộng Hòa thay ông Cabot Lodge. 
ĐÒI NỢ MÁU
Trong bộ VN Phật Giáo Sử Luận, Nguyễn Lang, tức Hòa Thượng Thích Nhất Hạnh, đã nhận xét về "Số phận không may của Tổng Thống và ông Cố Vấn " như sau :
"Sự hạ sát Tổng thống Diệm và ông cố vấn Nhu là một điều đáng tiếc trong cuộc Cách Mạng 1.11.1963. Dù có ra lệnh hay không ra lệnh, các tướng trong Hội Đồng Quân Lực cũng chịu trách nhiệm về không thực hành được lời hứa bảo đảm được tính mệnh hai người. Cái chết của họ đã kéo theo cái chết của hai vị thiếu tá Nhung và Nghĩa. Nhưng đã hết đâu. Oan oan tương báo, biết bao giờ cho sợi dây oan được cắt đứt?"(12)
Cái chết của Tổng Thống Ngô Đình Diệm và ông Ngô Đình Nhu không  phải là "một điều đáng tiếc" như Hoà Thượng Nhất Hạnh đã viết. Đây mới chỉ màn đầu của  chiến dịch đòi nợ máu. Nhóm Phật Giáo cực đoan và Thượng Tọa Thích Trí Quang bắn tiếng cho các tướng lãnh biết : 
- Những người sau đây phải đền tội : Ngô Đình Cẩn, Phan Quang Đông, Đặng Sĩ, Dương Văn Hiếu, Hoàng Trọng Bá, Nguyễn Thiện Dzai và Nguyễn Tư Thái. 
- Các "dư đảng Cần Lao" phải rời khỏi các chức vụ và các vị trí then chốt trong chính quyền. Dư đảng Cần Lao ở đây được hiểu là những người theo Thiên Chúa Giáo và khi nói "diệt dư đảng Cần Lao" thì phải hiểu là diệt Thiên Chúa Giáo và các phần tử không đồng chủ trương của nhóm Phật Giáo cực đoan miền Trung.
- Các nhân vật Phật Giáo được mệnh danh là "các tướng cách mạng" (như Dương Văn Minh, Tôn Thất Đính, Đỗ Mậu, Nguyễn Chánh Thi...) phải nắm các địa vị then chốt trong chính quyền, v.v... 
Những đòi hỏi này được lặp đi lặp lại thường xuyên trên các báo chí Phật Giáo, trong các cuộc biểu tình và tuyên ngôn tuyên cáo của nhóm Thượng Tọa Thích Trí Quang và Võ Đình Cường. Nhưng Tướng Dương Văn Minh do dự. Ông hiểu rằng những chuyện đó không thể làm được. Sau vụ hành quyết một cách rất dã man Tổng Thống Ngô Đình Diệm và ông Ngô Đình Nhu do lệnh trực tiếp của Lucien Conein truyền cho ông và Tướng Mai Hữu Xuân thi hành, đã có nhiều sự bất bình trong hàng ngũ của các tướng lãnh vì họ không được có tiếng nói trong biến cố quan trọng đó. Nhiều tướng đã coi việc hạ sát này là một hành động quá đáng và không cần thiết. Trung Tướng Trần Văn Đôn, người lãnh đạo quân đội trong cuộc đảo chánh, đã chỉ trích tướng Dương Văn Minh về việc không thông báo cho ông biết lệnh của Cabot Lodge và Lucien Conein. Do đó, Tướng Dương Văn Minh đã không dám đáp ứng các đòi hỏi của Thượng Tọa Thích Trí Quang.
Không may cho các nạn nhân là ngày 30.1.1964 Tướng Nguyễn Khánh đã làm một cuộc "chỉnh lý" lật đổ các tướng đảo chánh. Tướng Nguyễn Khánh vốn là một người được Tổng Thống Ngô Đình Diệm nâng đỡ đặc biệt và không tham gia vào cuộc đảo chánh ngày 1.11.1963 nên bị Phật Giáo liệt vào loại "Tướng Cần Lao". Sau khi nắm được chính quyền, ông đã tìm mọi cách chứng minh cho Phật Giáo thấy ông không bênh vực "dư đảng Cần Lao". Công việc đầu tiên mà ông nhận thấy cần phải làm là đưa các "dư đảng Cần Lao" ra xét xử.
Trước hết, Tướng Nguyễn Khánh đã chỉ thị cho ông Nguyễn Văn Mầu, Bộ Trưởng Tư Pháp, phải nghiên cứu cách nào để có thể tuyên án tử hình ông Ngô Đình Cẩn và những người liên hệ. Sau khi nghiên cứu, Bộ Tư Pháp thấy rằng nếu áp dụng bộ Hoàng Việt Hình Luật thì không thể tuyên án tử hình những tội vớ vẩn như bắt người trái phép, đả thương, bức tử, tống tiền v.v. Vậy chỉ còn một cách là làm một đạo luật mới quy một số hành vi của các nhân vật chế độ cũ vào các tội cố sát, lũng đoạn nền kinh tế quốc gia và dự liệu các quy định mới này có hiệu lực hồi tố (retroactive effect). Một nguyên tắc căn bản của hình luật là luật hình chỉ áp dụng cho các hành vi xẩy ra kể từ ngày ban hành luật chớ không áp dụng cho các hành vi xẩy ra trước ngày đó. Sự quy định như trên là trái với nguyên tắc căn bản của hình luật. Nhưng "cách mạng" không cần phải tuân theo một nguyên tắc nào cả! Bộ Tư Pháp đã làm đúng theo yêu cầu của Tướng Khánh. Sắc Luật số 4164 ngày 18.2.1964 thiết lập Tòa án Cách Mạng được ban hành, trong đó có điều khoản dự liệu luật này có hiệu lực hồi tố. Sau đó, Tướng Nguyễn Khánh đã ra lệnh bắt giữ và điều tra tất cả những người bị các Tỉnh Hội Phật Giáo tố cáo là "dư đảng Cần lao". Số người bị câu lưu lên đến 267 người. Tướng Khánh cho đưa ngay những người có tên trong danh sách mà Thượng Tọa Thích Trí Quang đòi nợ máu ra trước Tòa án Cách Mạng.
Vụ Phan Quang Đông
Ngày 26.3.1964, Tòa án Cách Mạng họp ở Huế để xét xử Phan Quang Đông về các tội cố sát, bắt giam trái phép, sách thủ tiền tài và lũng đoạn kinh tế. Các tội phạm này liên hệ đến 19 nạn nhân trong thời gian từ 26.10.1955 đến 1.11.1963. Nhưng vụ quan trọng nhất là vụ khách sạn Morin ở Huế. 
Năm 1957, Phan Quang Đông, nhân viên của Sở Nghiên Cứu Chính Trị, đặc trách miền Trung, thấy ông Nguyễn Văn Yến, một tiểu thương và ông Nguyễn Phương, một nhà thầu khoán, không có tài sản bao nhiêu nhưng đã đứng ra mua lại toàn bộ khách sạn Morin của Pháp, một khách sạn lớn nhất nhì Huế lúc đó, liền cho mở cuộc điều tra. Vì các đương sự không chứng minh được nguồn gốc tài sản đã bỏ ra để mua khách sạn Morin, và có một số bằng chứng cho thấy các đương sự liên hệ đến các nhân viên tình báo của Pháp, nên Phan Quang Đông đã bắt để điều tra về tội hoạt động gián điệp Pháp. Khi cuộc điều tra đang tiến hành thì Nguyễn Phương nhảy lầu tự sát.
Đầu năm 1963, gia đình các nạn nhân làm đơn xin tái xét, nhờ Đức Tổng Giám Mục Ngô Đình Thục chuyển cho Tổng Thống Ngô Đình Diệm. Tổng Thống đã phê lên đơn ra lệnh cho Đại Tá Đỗ Mậu, Cục Trưởng Cục An Ninh Quân Đội, điều tra lại nội vụ. Đại Tá Đỗ Mậu rất sợ Ngô Đình Cẩn, không dám đích thân ra Huế mở cuộc điều tra, nên đã bán cái cho đàn em là Đại úy Phạm Bá Thích, Trưởng Ty An Ninh Quân Đội ở Huế. Nhận được chỉ thị của Đại Tá Mậu, Đại úy Thích không biết phải thi hành cách nào, vì cấp bực và chức vụ của anh quá nhỏ, không đủ uy thế để điều tra vụ quan trọng này. Đại úy Thích tìm Đại úy Nguyễn Văn Minh, sĩ quan phụ trách về an ninh của ông Ngô Đình Cẩn, để nhờ giúp đỡ. Đại úy Minh dẫn Đại úy Thích vào gặp ông Ngô Đình Cẩn. Sau khi xem bút phê của Tổng Thống Diệm, ông Ngô Đình Cẩn bảo Đại úy Thích cứ mở cuộc điều tra một cách vô tư vì đây là lệnh của Tổng Thống. Ông cũng bảo Phan Quang Đông phải cung cấp tất cả những tài liệu mà Đại úy Thích cần. Chúng tôi không có cơ hội được xem phúc trình điều tra của Đại úy Thích, nhưng được biết bản phúc trình kết luận rằng việc bắt giam những người liên hệ đến vụ Morin là có căn cứ. Đại Tá Đỗ Mậu đã nhận được bản phúc trình và đệ trình lên Tổng Thống Diệm. Sau đó người ta không thấy phủ Tổng Thống nhắc đến vụ này nữa. Điều mà nhiều người đã phàn nàn là sự trốn tránh trách nhiệm của Đại Tá Đỗ Mậu trong việc điều tra nội vụ. Mặc dầu đã có bút phê của Tổng Thống, Đại Tá Đỗ Mậu đã cố tránh né trách nhiệm vì sợ phương hại đến địa vị của ông. Nếu ông đích thân lãnh trách nhiệm thì nội vụ sẽ sáng tỏ hơn.
Dầu sao, khi Tướng Nguyễn Khánh đã chỉ thị làm một đạo luật vi phạm nguyên tắc căn bản của hình luật để xử tử hình Phan Quang Đông và qua sự kết án Phan Quang Đông, xử tử hình Ngô Đình Cẩn để thỏa mãn đòi hỏi của nhóm Phật Giáo cực đoan miền Trung, thì mọi sự tranh luận về pháp lý và bằng chứng của tội phạm đều vô ích. Ngày 28.3.1964 tòa đã tuyên án Phan Quang Đông tử hình, tịch thu tài sản và bồi thường cho các nạn nhân 18 triệu. 
Vụ Ngô Đình Cẩn
Sáng thứ bảy, ngày 2.11.1963, sau khi nghe tin ông Diệm và ông Nhu đã bị giết, ông Ngô Đình Cẩn liền bí mật qua Dòng Chúa Cứu Thế để lánh nạn. Ông được sắp xếp cho ở một phòng nhỏ phía trên lầu. Ngoài những người thân cận ra, không ai biết chuyện này. Sáng Chúa Nhật 3.11.1963, Tướng Đỗ Cao Trí, Tư Lệnh Quân Đoàn I, bay ra Huế và đi tìm Đại úy Nguyễn Văn Minh, phụ trách về an ninh của ông Ngô Đình Cẩn, yêu cầu Đại úy Minh thông báo cho ông Cẩn biết thế nào cũng sẽ có lục xét nhà, nếu còn tài sản gì cứ giao cho ông giữ giúp. Thiếu Tướng Trí bảo Đại úy Minh thưa với ông Cẩn rằng Cậu đừng lo lắng gì cả. Thiếu Tướng sẽ bảo đảm tính mệnh của Cậu, không đứa nào dám động đến Cậu đâu. Đại úy Minh đem nội vụ trình ông Ngô Đình Cẩn. Ông Ngô Đình Cẩn cho gọi Tướng Đỗ Cao Trí vào. Sau khi hai người nói chuyện chừng 15 phút thì ông Cẩn gọi Đại úy Minh và bảo về nhà lấy tất cả mọi thứ dưới sập giường đem đến ông. Đại úy Minh trở về nhà ông Cẩn và tìm dưới sập giường thì thấy một bao bố nặng chừng 8 ký, không biết là thứ gì, và một cái cặp nhỏ. Đại úy Minh đem tất cả đến cho ông Cẩn thì ông Cẩn giao ngay cho Tướng Đỗ Cao Trí. Chính Tướng Đỗ Cao Trí đã tự tay xách cái bao bố và chiếc cặp ra cất vào trong xe rồi quay lại hỏi Đại úy Minh muốn đi đơn vị nào. Đại úy Minh xin về Trường Võ Bị Đà Lạt như đã có Sự vụ Lệnh trước khi có cuộc đảo chánh. Tướng Trí nói rằng chưa thuận tiện vì tình hình đang lộn xộn. Sau đó Tướng Trí ra máy bay về Đà Nẵng. Ngày hôm sau, Đại úy Minh nhận được công điện phải vào Quân Đoàn I trình diện gấp trong 24 tiếng đồng hồ, nếu không trình diện sẽ bị báo cáo đào ngũ. Đại uý Minh định đi đường bộ vào Đà Nẵng, nhưng ông Mullen, Phó Tổng Lãnh Sự Hoa Kỳ tại Huế, ngăn cản vì sợ Đại úy Minh có thể bị ám sát trên đường vào Đà Nẵng để thủ tiêu nhân chứng. Ông Muller đã cho một chiếc L.19 đến chở Đại úy Minh đi Đà Nẵng.
Khi hay tin ông Cẩn đang ở trong Dòng Chúa Cứu Thế, ông Elble, Tổng Lãnh Sự Hoa Kỳ tại Huế, đã đề nghị ông Cẩn vào tỵ nạn trong Tòa Lãnh Sự Mỹ. Ông Elble nói rằng Hoa Kỳ có thể cho ông Cẩn tỵ nạn như đã cho Thích Trí Quang trước đây. Ông Cẩn trả lời rằng ông chỉ đi nếu Tòa Lãnh Sự cho mẹ già của ông cùng đi theo, nhưng ông Elble nói ông không được lệnh cho bà cụ trú ẩn. Ít ngày sau, Hội Đồng Quân Nhân Cách Mạng cho máy bay ra đưa ông Ngô Đình Cẩn vào giam ở khám Chí Hòa, Saigon.
Ngày 14.4.1964, Tòa án Cách Mạng họp tại Saigon để xét xử Ngô Đình Cẩn về các tội như đã truy tố Phan Quang Đông, trừ tội bức sát Nguyễn Phương, vì cho rằng ông Ngô Đình Cẩn đã ra lệnh cho Phan Quang Đông bắt vụ Morin. Ông Ngô Đình Cẩn khai trước tòa như sau : "Tôi quân sự không biết, hành chánh không biết, học tầm thường, làm sao ra lệnh cho ai?".
Trong khi Tòa án Cách Mạng xét xử ông Ngô Đình Cẩn, Tướng Nguyễn Khánh đã ra Huế gặp và xin được gặp Bà Nguyễn Văn Ấm, nhũ danh là Ngô Thị Nho, thân mẫu của Đức Giám Mục Nguyễn Văn Thuận và là chị ruột của ông Ngô Đình Cẩn. Theo lời bà Nguyễn Văn Ấm kể lại cho một số linh mục và thân thuộc nghe thì Tướng Nguyễn Khánh đã đòi bà đưa cho ông ta 300 triệu đồng, ông ta sẽ tha ông Ngô Đình Cẩn. Bà Ấm trả lời rằng bà không làm gì có một số tiền to lớn như vậy.
Tướng Khánh là một tay đánh xì phé chuyên nghiệp, mỗi lần đến đánh phé ở nhà ông Huỳnh Hữu Nghĩa, Bộ Trưởng Lao Động, thường mang theo khoảng 200.000$. Nguyễn Khánh biết Tướng Đỗ Cao Trí đã lấy của ông Cẩn khoảng 8 ký vàng và một ít tiền mặt, nhưng nghĩ rằng ông Cẩn trước khi ra đi thế nào cũng có gởi cho bà Ấm một số tài sản quan trọng nên định lùa ván chót. Bà Ấm thừa biết nếu có 300 triệu đưa ra thì Tướng Khánh vẫn ra lệnh giết Ngô Đình Cẩn, để củng cố địa vị chính trị của mình.
Mặc dầu không xuất trình được bằng chứng cho thấy ông Ngô Đình Cẩn đã chỉ thị cho Phan Quang Đông trong vụ Morin, ngày 22.4.1964 tòa vẫn theo lệnh của Tướng Khánh tuyên án tử hình Ngô Đình Cẩn, tịch thu tài sản và liên đới với Phan quang Đông bồi thường cho các nạn nhân.
Ngày 9.5.1964, Phan Quang Đông đã bị xử bắn tại sân vận động Huế giữa những tiếng reo hò của Phật tử. Sau đó đoàn người đi xem xử bắn biến thành đoàn biểu tình yêu cầu Tướng Nguyễn Khánh đưa Ngô Đình Cẩn ra xử bắn tại Huế như Phan Quang Đông. Đoàn biểu tình không hay biết rằng trong khi Phan Quang Đông bị xử bắn ở Huế thì Ngô Đình Cẩn cũng đã bị xử bắn tại khám Chí Hoà, Sai gon, cùng một ngày.
Vụ Đặng Sĩ 
Ngày 2.6.1964, Tòa án Cách Mạng họp tại Sai gòn để xử vụ Thiếu Tá Đặng Sĩ, Phó Tỉnh Trưởng Nội An kiêm Tiểu Khu Trưởng Thừa Thiên, người đã được lệnh dẹp cuộc biểu tình của Phật tử tại Huế vào tối 8.5.1963. Thiếu Tá Đặng Sĩ bị tố cáo về tội cố sát. Luật Sư Nguyễn Khắc Tân, người biện hộ cho Đặng Sĩ, cho chúng tôi biết theo Bản Cáo Trạng của Công Tố Viện và hiện trạng hồ sơ, Đặng Sĩ không có tội gì cả (xem phần Thánh Chiến I). Tuy nhiên, đây là một vụ án chính trị, nếu không có một áp lực đối nghịch, Tướng Khánh sẽ ra lệnh cho tòa án tuyên án tử hình Đặng Sĩ và đem xử bắn như Phan Quang Đông. Chúng tôi liền cho phổ biến rộng rãi Bản Cáo Trạng trên báo chí với dụng ý cho mọi người thấy Thiếu Tá Đặng Sĩ không có trách nhiệm trong vụ gây ra những sự chết chóc trong đêm 8.5.1963. Hầu hết các báo đã đăng nguyên văn hay một phần bản cáo trạng, chỉ trừ các báo Phật Giáo là viết theo luận điệu của Thượng Tọa Thích Trí Quang và yêu cầu tòa tuyên một bản án "thích đáng".
Trước sự lộng hành của Thượng Tọa Thích Trí Quang và nhóm Phật Giáo cực đoan miền Trung cũng như sự nhượng bộ một cách phi lý của Tướng Nguyễn Khánh, Khối Công Dân Công Giáo đã được thành lập để đối phó. Ngày 7.6.1964 Khối Công Dân Công Giáo đã tổ chức một cuộc biểu tình lớn, có khoảng 100.000 người tham dự tại công trường Lam Sơn trước trụ sở Ouốc Hội ở Saigon. Đoàn biểu tình đứng kéo dài đến chợ Bến Thành. Trong cuộc biểu tình người ta thấy có các biểu ngữ : "Lột mặt nạ bọn lợi dụng Cách Mạng để đàn áp Công Giáo", "Mỵ dân là phản bội Dân Chủ", "ủng hộ cuộc đấu tranh của Công Giáo miền Trung"... Thỉnh thoảng có một vài biểu ngữ "Cabot Lodge cút đi" được đưa lên. Chính nhờ cuộc biểu tình này Đặng Sĩ mới được cứu thoát.
Vụ Nguyễn Văn Y 
Cũng trong ngày 8.6.1964, sau khi tuyên án Đặng Sĩ, tòa xử vụ Đại Tá Nguyễn Văn Y, Đặc ủy Trung ương Tình Báo kiêm Tổng Giám Đốc Cảnh Sát Quốc Gia và 13 người khác liên quan đến sự mất tích của một số nhân vật đối lập dưới chế độ Ngô Đình Diệm. Tuy không tìm ra được bằng chứng buộc tội, ngày 18.6.1964, tòa đã tuyên án 4 người khổ sai chung thân và tha bổng 9 người.
Vụ Dương Văn Hiếu
Ngày 23.6.1964, Tòa án Cách Mạng tại Saigòn lại xét xử vụ Dương Văn Hiếu, Tư Lệnh Cảnh Sát Đặc Biệt và các cộng sự viên là Nguyễn Thiện Dzai, Nguyễn Tư Thái và Phan Khanh.
Ông Ngô Văn Hiếu là người phụ trách công tác phản gián để tìm bắt các cán bộ CS nằm vùng tại miền Nam VN. Năm 1958, nhân một cuộc hành quân tại Quảng Ngãi, Trung Đoàn 4 của Sư Đoàn I đã phát hiện một thùng tài liệu bí mật của VC chôn giấu, liền báo tin cho cơ quan mật vụ của Bác Sĩ Trần Kim Tuyến biết. ông Dương Văn Hiếu được cử ra nghiên cứu thì thấy đây là một tài liệu ghi mật mã của VC. ông Dương Văn Hiếu liền cho làm bản sao và sau đó đem chôn lại chỗ cũ rồi cho pháo binh bắn vào để phá các dấu vết đào bới. Nhờ vậy VC không nghi ngờ các khóa mật mã của họ đã bị khám phá. Dùng các khoá mật mã bắt được, Đoàn Công Tác Đặc Biệt Miền Trung của ông Dương Văn Hiếu đã giải mã hàng trăm văn kiện liên lạc giữa VC và phát hiện được hàng trăm cán bộ cao cấp nằm vùng của VC từ Quảng Trị đến Saigon. Trong các nhân viên cao cấp của VC bị bắt, người ta thấy có Cao Đăng Chiếm, Huỳnh Văn Trọng, Trần Ngọc Hiền, v.v. Sau khi chế độ Ngô Đình Diệm bị lật đổ, các cán bộ CS nằm vùng đã đưa nhiều hồ sơ cho Thượng Tọa Thích Trí Quang và Võ Đình Cường, tố cáo Đoàn Công Tác Đặc Biệt Miền Trung bắt giam người trái phép, trong đó có vụ lớn nhất là vụ Nguyễn Văn Đạt ở Huế. Các lãnh tụ Phật Giáo chùa Từ Đàm vẫn quả quyết Nguyễn Văn Đạt đã bị bắt oan, nhưng hồ sơ tình báo cho thấy Nguyễn Văn Đạt là Bí Thư Tỉnh ủy Thừa Thiên của VC. Có nhiều các bộ hoạt động dưới quyền của Nguyễn Văn Đạt khi bị bắt cũng đã xác nhận vậy. Nguyễn Văn Đạt Đạt đã làm tờ tự thú và xin trở về với chính phủ VN Cộng Hòa. Về sau, bệnh sốt rét của Nguyễn Văn Đạt tái phát nặng, cơ quan an ninh đã cho Nguyễn Văn Đạt trở về với gia đình và giúp cho phương tiện cứu chữa.
Mặc dầu có nhiều tài liệu dẫn chứng các hồ sơ do các tăng sĩ chùa Từ Đàm đưa ra tố cáo về việc bắt giam trái phép đều liên hệ đến các đặc công CS nằm vùng, ngày 25.6.1964, tòa đã tuyên án Dương Văn Hiếu, Nguyễn Thiện Dzai, Nguyễn Tư Thái khổ sai chung thân và Phan Khanh 10 năm khổ sai.
Hậu quả của bản án này là các nhân viên an ninh ở miền Trung không dám bắt các cán bộ VC nằm vùng hoạt động trong các tổ chức Phật Giáo nữa, nên tình hình miền Trung rối loạn liên tục. Đây là chủ đích mà Thượng Tọa Thích Trí Quang và Võ Đình Cường nhắm đạt tới.
Các nhân viên tình báo cao cấp nói rằng Thượng Tọa Thích Trí Quang cương quyết loại trừ tất cả những nhân chứng biết rõ và nắm trong tay hồ sơ hoạt động cho CS của ông và của nhóm đặc công VC nằm vùng ở miền Trung. Những người có tên trong danh sách đòi nợ máu của ông đều là những nhân chứng về sự liên hệ giữa ông với VC, trong đó Ngô Đình Cẩn và Phan Quang Đông là hai người biết nhiều chi tiết nhất. Tuy nhân chứng bị sát hại, cơ quan tình báo VN Cộng Hòa và CIA đã lưu trữ đầy đủ hồ sơ hoạt động của nhóm này.
Chủ trương đòi nợ máu và "diệt dư đảng Cần Lao" là chủ trương của Đảng CS đưa ra nhắm loại trừ các phần tử chống Cộng, Thượng Toạ Thích Trí Quang chỉ là người thừa hành. Chúng ta hãy nghe VC viết về chiến dịch này:
"Hoạt động của ta từ sau hồi Diệm đổ diễn ra mạnh mẽ, đã kết hợp tiến công quân sự với nổi dậy của quần chúng trên cả ba vùng, từ rừng núi đến đồng bằng, thành phố, tới giới tuyến giáp ranh vùng sâu."
"Trên cơ sở phong trào đấu tranh quần chúng, công tác xây dựng thực lực cách mạng cũng phát triển mạnh: ở Thừa Thiên cơ sở chính trị đã tăng 40% so với năm 1962, phong trào thanh niên ra vùng giải phóng tham gia cách mạng ngày một nhiều.
"Phong trào đấu tranh chính trị phát triển mạnh, nổi lên là những cuộc đấu tranh của sinh viên, học sinh và nhân dân lao động đòi trừng trị những tên ác ôn đầu sỏ có nợ máu như tên Đỗ Cao Trí, đòi hạ bệ tên Nguyễn Quang Trung, tỉnh trưởng Quảng Trị. Cuộc đấu tranh đòi xử tội tên Ngô Đình Cẩn và Phan Quang Đông có tới 5 vạn người tham gia. Nguyễn Khánh ra Huế bị quần chúng la ó, ném guốc, dép phải bỏ về Saigòn".(13)
Đây là những thành quả mà VC coi là đã thu hoạch được tại Quảng Trị, Huế và Thừa Thiên.
Sau khi vụ Phật Giáo miền Trung bị dẹp tan vào tháng 6 năm 1966, uy lực của Thượng Tọa Thích Trí Quang không còn nữa, chính phủ đã ký Sắc Lệnh ngày 31.10.1966 giảm án khổ sai của các đương sự xuống còn 5 năm khổ sai rồi qua năm 1967 trả tự do tất cả.
THANH TOÁN CÔNG GIÁO VÀ CÁC ĐẢNG PHÁI CHỐNG CỘNG DƯỚI DANH NGHĨA DIỆT TRỪ "DƯ ĐẢNG CẦN LAO"
Sau khi chế độ Ngô Đình Diệm sụp đổ, Thượng Tọa Thích Trí Quang cho lập ngay Hội Đồng Nhân Dân Cứu Quốc, phát xuất từ Huế, để tiếp tục cuộc đấu tranh. Như chúng tôi đã nói ở nước, mục tiêu chiến lược của ông không phải là chống đàn áp Phật Giáo. Chống đàn áp Phật Giáo chỉ là mục tiêu chiến thuật. Do đó, khi mục tiêu chiến thuật này được thỏa mãn, ông tạo mục tiêu mới ngay để xách động Phật tử đấu tranh. Mục tiêu chiến thuật mới đó là "diệt dư đảng Cần Lao". Được coi là "dư đảng Cần Lao" tất cả mọi người theo Thiên Chúa Giáo và các tổ chức chống hay không đồng quan điểm với ông. Về sau, các khẩu hiệu của nhóm Phật Giáo cực đoan miền Trung đã ghi rõ "diệt dư đảng Cần Lao Thiên Chúa Giáo." Phải diệt xong Công Giáo và các đảng phái quốc gia chống Cộng mới có thể cướp chính quyền, vì đây là hai đối thủ có thể ngăn cản hoặc phá vỡ kế hoạch tiến công của ông. Vì thế, mới ra quân, ông và Võ Đình Cường đã chỉ thị cho Hội Đồng Nhân Dân Cứu Quốc chĩa mũi dùi thẳng vào Công Giáo và các đảng phái quốc gia. Thượng Tọa Thích Trí Quang không lường trước được phản ứng của phía Công Giáo, các đảng phái quốc gia và các Phật tử chân chính, nhất là các tông phái miền Bắc hay miền Nam. 
Tạo lý do mới
Để tạo lý do xách động Phật tử đứng lên diệt "dư đảng Cần Lao Thiên Chúa Giáo", ngày 3.8.1964 Thượng Tọa Thích thiện Minh dẫn một phái đoàn Phật tử đến gặp Tướng Nguyễn Khánh, đưa hồ sơ tố cáo tại các địa phương "dư đảng Cần Lao" đang đàn áp Phật Giáo ở Quảng Nam và Đà Nẵng: Bắt bớ Phật tử ở Duy Xuyên, đốt nhà ở Tuy Phước, sát hại Phật tử ở An Thạch v.v. Sau khi điều tra, ban điều tra thấy rằng những người bị bắt đều là cán bộ CS nằm vùng tổ chức phá rối.
Đánh phá các cơ sở Công Giáo
Áp đảo được các chính quyền địa phương, Hội Đồng Nhân Dân Cứu Quốc tại miền Trung quay mũi dùi tấn công thẳng vào Công Giáo. Các nhân viên Công Giáo trong các cơ quan công quyền bị phân biệt đối xử. Nhiều người bị bắt, bị cất chức hay bị đổi đi xa. Các giáo xứ thường bị khiêu khích và đe đoạ. Khi nhận thấy nhóm Phật Giáo cực đoan miền Trung quá lộng hành, các giáo xứ đã liên kết để tìm cách đối phó.
Ngày 26.8.1964, Hội Đồng Nhân Dân Cứu Quốc bất thần cho lệnh tấn công hai giáo xứ Thanh Bồ và Đức Lợi ở Đà Nẵng, đốt sạch nhà cửa, giết 11 người và gây thương tích cho 42 người. Khi tôi ra Đà Nẵng quan sát tại chỗ thì thấy quang cảnh giống như một bãi tha ma. Nhà thờ và tượng ảnh bị đập nát, những cột nhà đen nám chơ vơ giữa đống tro tàn... Tướng Nguyễn Chánh Thi tuyên bố chỉ cứu trợ chứ không chịu bồi thường thiệt hại cho các nạn nhân, viện lý do vụ thiệt hại đó không phải lỗi của chính quyền. ông cho điều tra qua loa về nguyên nhân xẩy ra nội vụ, không quy trách hay truy tố ai, rồi cho xếp luôn hồ sơ. Người điều khiển cuộc đốt phá này là Hà Xuân Kỳ và Phan Xuân Huy. Nhờ vụ chỉ huy đốt phá này, về sau Phan Xuân Huy được Phật Giáo đưa ra làm Dân Biểu đơn vị Đà Nẵng. Cũng trong ngày đó, các giáo xứ tại Quy nhơn cũng bị đánh phá nặng nề, nhưng các tự vệ Công Giáo đã kháng cự được. 
Được tin cầu cứu từ Đà Nẵng và Quy Nhơn, ngày 27.8.1964, khoảng 2.000 giáo dân các giáo xứ di cư đã đến bao vây Bộ Tổng Tham Mưu ở Saigòn đòi gặp Hội Đồng Quân Đội Cách Mạng, yêu cầu giải quyết vụ Đà Nẵng và Quy Nhơn, đòi phải có biện pháp đối với các tổ chức thân Cộng đang gây rối. Cuộc xô xát với binh sĩ xẩy ra, có 4 người bị bắn chết và 11 người bị thương. Một toán khác đến đài phát thanh Saigòn yêu cầu đọc bản Tuyên Ngôn chống Cộng và chống trung lập. Tại đây lại có một cuộc xô xát với học sinh trường Nguyễn Trường Tộ. Tòa Tổng Giám Mục Saigòn và Viện Hóa Đạo phải ra thông cáo yêu cầu các tín đồ giữ bình tĩnh và giữ hòa khí.
Ngày 28.8.1964, Hội Đồng Nhân Dân Cứu Quốc vây trường Công Giáo Nguyễn Bá Tòng, vào đập phá nhà in của trường, đốt phá tòa báo Xây Dựng do linh mục Nguyễn Quang Lãm làm chủ nhiệm. Thanh niên các xứ Bùi Phát, Nghĩa Hòa, Tân Sa Châu và Xóm mới hay tin kéo đến giải vây. Cuộc xô xát giữa hai bên rất ác liệt. Lực lượng Nhảy dù được huy động tới để giải vây đã phải nổ súng. Kết quả có 2 người chết và 48 người bị thương phải vào bệnh viện. Hai xác thanh niên bị chết do tấn công vào trường Công Giáo Nguyễn Bá Tòng được đem về quàn tại Viện Hóa Đạo để làm lễ cầu siêu! 
Trong cuốn Bạch Thư công bố ngày 31.12.1993, Hoà Thượng Thích Tâm Châu nói: "Trong khi đang tiến hành các việc, bỗng nhiên, Tướng Nguyễn Khánh cho tín đồ Thiên Chúa Giáo vùng Saigon Biên Hòa biểu tình vào Saigon, suýt xẩy ra cuộc tàn sát đẫm máu." Đây là một nhân định hoàn toàn sai lầm. Khối Công Dân Công Giáo đã ra lệnh biểu tình và phản ứng mạnh là do được điện cầu cứu từ Đà Nẵng cho biết hai giáo xứ Thanh Bồ và Đức Lợi đã bị Hội Đồng Nhân Dân Cứu quốc thiêu rụi và sau đó Hội Đồng Nhân Dân Cứu Quốc lại đập phá trường Nguyễn Bá Tòng và đốt tòa báo Xây Dựng của Linh mục Nguyễn Quang Lãm ở Saigon. Trong lúc chính quyền tỏ ra bất lực, không cách gì hơn là cho Hội Đồng Nhân Dân cứu Quốc một bài học để đừng tự tung tự tác nữa.
Ngày 29.8.1964 Viện Hóa Đạo tại Saigòn ra thông cáo tuyên bố từ nay không chịu trách nhiệm về các vụ bạo động. Nguyện vọng của Phật Giáo đã được thỏa mãn, các cuộc vận động chấm dứt. Thông cáo của Thượng Tọa Thích Tâm Châu bị Thượng Tọa Thích Trí Quang và các Phật tử ở Huế phản ứng mạnh mẽ, nên ngày 1.9.1964, Thượng Tọa Thích Tâm châu lại ra một thông cáo khác yêu cầu chính phủ phải dứt hoạt với "các nhóm người phá hoại của chế độ cũ". Yêu cầu chính phủ đừng chụp mũ các Phật tử tranh đấu là du đãng để bắt bớ. Thượng Tọa dọa nếu đến ngày 27.10.1964 không giải quyết, sẽ cho lệnh bãi thị và bãi khóa.
Để đáp lại, ngày 8.9.1964, Linh mục Hoàng Quỳnh, Chủ tịch Khối Công Dân Công Giáo, gởi cho Tướng Nguyễn Khánh một thư ngỏ yêu cầu chính phủ quan tâm đến các vụ tấn công các cơ sở Công Giáo trong những ngày vừa qua, yêu cầu điều tra và giải quyết một cách vô tư các vụ tấn công các giáo xứ ở Đà Nẵng và Quy Nhơn. Nếu chính phủ không vãn hồi được an ninh thì các giáo xứ Công Giáo bắt buộc phải tổ chức tự vệ và không chịu trách nhiệm về những hậu quả.
Ngày 21.9.1964 Hội Đồng Nhân Dân Cứu Quốc cho lệnh tấn công đài phát thanh Quy Nhơn và lùng bắt dư đảng Cần Lao. Ngày 27.9.1964, Thượng Tọa Thích Trí Quang và Võ Đình Cường ra lệnh mở các cuộc lùng bắt dư đảng Cần Lao tại Huế và các tỉnh Trung Phần. 
Ngày 25.9.1964, Hội Đồng Nhân Dân Cứu Quốc tại Sàigòn hô hoán lên rằng dư đảng Cần Lao đang thuê lò rèn Lâm Hiệp Thành ở Xóm Củi rèn hàng ngàn con dao để chống cách mạng. Nhưng sau đó, Phái Đoàn Viện Trợ Hoa Kỳ ra thông cáo nói rõ số dao đó do Phái Đoàn đặt để cung cấp cho Phủ Bình Định và Phát Triển phát cho nông dân chớ không phải của dư đảng Cần Lao !  
Khi các giáo xứ Công Giáo tại miền Trung và chung quanh Saigòn đã tự động võ trang tự vệ và sẵn sàng ứng chiến thì Hội Đồng Nhân Dân Cứu Quốc không thể lộng hành như trước được.  
Qua các trận đối đầu trên, người Công Giáo thấy rằng với sự lộng hành của nhóm Phật Giáo cực đoan miền Trung, không thể chờ đợi chính quyền, phải phản ứng mạnh mẽ, không tương nhượng, mới có thể tồn tại được. Tương nhượng trong trường hợp này sẽ bị hiểu lầm là khiếp sợ và khuyến khích thêm sự lộng hành. Nhóm thân Cộng như Lý Chánh Trung, Nguyễn Đình Đầu, Nguyễn Văn Trung, Trương Bá Cần... đã phản đối chủ trương đó, nhưng nếu nghe họ chắc chắn đã bị thảm bại. 
Vụ Linh mục Cao Văn Luận
Đối với Thượng Tọa Thích Trí Quang, có một cái gai ông muốn nhổ ngay từ đầu, đó là Linh mục Cao Văn Luận, Viện Trưởng Viện Đại Học Huế, nhưng không dám nhổ ngay vì Linh mục Cao Văn Luận có công rất lớn trong việc xây dựng Viện Đại Học Huế, ông lại được hầu hết các giáo sư và sinh viên Đại Học Huế yêu chuộng vì tính tình hòa nhã, có tinh thần phục vụ tích cực và bất vụ lợi... Trong thời gian Phật Giáo chống chế độ Ngô Đình Diệm, ông không đứng về chính phủ. Nhưng sự hiện diện của ông lúc này gây trở ngại cho cuộc đấu tranh cướp chính quyền mà Thượng Tọa Thích trí Quang đang phát động, vì ông không bằng lòng cho đưa chính trị vào đại học. Ngoài ra, Thượng Tọa Thích Trí Quang không muốn có một người Công Giáo nắm địa vị quan trọng trong Viện Đại Học Huế, nhất là khi người đó là một linh mục. Viện Đại Học Huế phải trở thành của Phật Giáo. Vì thế, khi đã làm chủ được tình hình ở Huế và đa số các tỉnh miền Trung, Thượng Tọa Thích Trí Quang liền ra lệnh cho các giáo sư thuộc phe ông trong Viện Đại Học Huế dứt điểm vụ này. Trước hết, nhóm này cho xuất bản tờ tuần báo Lập trường để triển khai chủ trương của nhóm, cổ võ cho đường lối của Thượng Tọa Thích Trí Quang và công khai chống chính phủ. 
Ngày 18.9.1964, một số giáo sư và sinh viên họp tại Viện Đại Học Huế, yêu cầu Linh mục Cao Văn Luận từ chức để khỏi trở ngại cho chiến dịch bài trừ Cần Lao của Hội Đồng Nhân Dân Cứu Quốc. Giáo sư Lý Chánh Trung đã mô tả và nhận xét về vụ này trong bài "Loạn để trị" đăng trong tạp chí Tìm Hiểu số 2 tháng 10 năm 1964. Giáo sư Lý Chánh Trung là một phần tử thân Cộng đã ủng hộ Phật Giáo trong cuộc tranh đấu chống chính phủ Ngô Đình Diệm, nhưng nay thấy cảnh trái mắt nói trên, ông đã viết như sau :  
"Một nhóm Giáo chức Đại Học họp lại, đánh điện tín là ông Viện Trưởng phải từ chức, vì sự hiện diện của ông "không cần thiết nữa." Rồi người ta thấy Bộ Giáo Dục chấp nhận ngay sự từ chức đó, rồi ông Thủ Tướng bổ dụng ngay chính ông Tổng Trưởng Giáo Dục kiêm nhiệm chức Hiệu Trưởng viện Đại Học Huế. Ôi, con rùa hành chánh sao bỗng nhưng lại đi nhanh thế!"
Các sinh viên Đại Học Huế không đồng ý quan điểm của một số giáo sư nói trên, đã làm kiến nghị phản đối. Một giáo sư đại diện cho phe Phật Giáo đấu tranh đã trả lời rằng Cha Luận giống như một "ung thư" phải cắt đi để khỏi làm tê liệt thân thể. Giáo sư Lý Chánh Trung đã nói về cái "ung thư" đó như sau:
"Cái "ung thư" Cao văn Luận đã mọc từ trong bào thai của viện Đại Học Huế. Nó đã khai sinh và làm cho trưởng thành bào thai đó. Cái "ung thư" đó đã lê cái thân già đi khắp cùng trái đất, xin tiền, kiếm người, khẩn khoản mới mọc từng người về giúp Viện Đại Học Huế, không phân biệt chính kiến, địa phương, tôn giáo. Và kết quả sau 7 năm trời xem cũng "được" lắm chứ. Cái trường Y Khoa của Bác Sĩ Quyến, nếu không có niềm tin tưởng, cái gan lì và công vận động của Cha Luận, làm sao thành hình?"
Sau khi nói về những bất mãn của nhiều giới, giáo sư Lý Chánh Trung viết tiếp :
"Thật ra các anh đã "cách chức" Cha Luận vì Cha không đồng ý với các anh về mặt chính trị. Như vậy Viện Đại Học Huế đã biến thành một đảng chính trị rồi đó. Và ai không đồng ý với các anh đều là "ung thư" phải mổ phăng đi cho..."dễ làm việc" có phải vậy không?"
"Các anh đòi hỏi dân chủ. Đòi hỏi dân chủ bằng cách bắt đầu độc tài, độc đoán; bắt đầu khệnh khạng, huênh hoang; bắt đầu làm chủ nhân chân lý, "xếp sòng cách mạng".(14) 
Tại Saigòn, ngày 27.9.1964, "Lực Lượng Sinh Viên Học Sinh bảo vệ Giáo Dục thuần túy" tập họp và biểu tình trước Viện Hóa Đạo yêu cầu "đưa chính trị ra khỏi học đường". Hội Đồng Chỉ Đạo Sinh Viên Học Sinh Saigòn họp ra quyết nghị chống việc các tổ chức chính trị xen lấn vào học đường và lôi cuốn sinh viên học sinh vào các cuộc phiêu lưu chính trị. Các tổ chức này đều bị phe tranh đấu tố cáo là tay sai của "dư đảng Cần Lao". 
Đánh tất cả những ai không đồng chủ trương.
Sau khi Tướng Nguyễn Chánh Thi bị cất chức Tư lệnh Vùng I vì dung dưỡng các phong trào ngụy hòa và sự lộng hành của nhóm Phật Giáo cực đoan miền Trung, Thượng Tọa Thích Trí Quang và Võ Đình Cường thấy thế dựa bị mất, đã mở cuộc phản công Hội Đồng Quân Lực và tiến tới cướp chính quyền. Trong cuộc chiến này, Thượng Tọa Thích Trí Quang không dung tha bất cứ tổ chức nào mà ông coi là "phản động", không đứng về phe của ông.  
Về phía các đảng phái, người ta thấy chỉ có nhóm VN Quốc Dân Đảng thuộc hệ phái Nguyễn Tường Tam do Nguyễn Tường Hiếu lãnh đạo đã theo phe Phật Giáo cực đoan Miền Trung, còn đa số các đảng phái khác hoặc đứng ngoài cuộc chiến hoặc chống lại. Về phía báo chí, ngoại trừ một vài tờ báo của Phật Giáo, hầu hết các báo không đồng ý với đường lối của Thích Trí Quang. Các tông phái Phật Giáo miền Nam rút ra khỏi phe tranh đấu như Hội Phật Học Nam Việt, Tổng Giáo Hội Phật Giáo VN... Ngay cả các tăng sĩ miền Bắc trong Viện Hóa Đạo cũng thường xuyên phản kháng các quyết định của ông. Trước tình trạng này, Thượng Tọa Thích Trí Quang không những không xét lại đường lối mà còn ra lệnh mở cuộc tấn công vào bất cứ tổ chức hay cơ quan nào không chấp nhận chủ trương của ông.
Ngày 6.4.1966, Lực Lượng Tranh Thủ Cách Mạng đến đập phá tòa soạn nhật báo Sống của Chu Tử, đốt mấy chiếc xe đậu phía trước và tố cáo báo này là tay sai của dư đảng Cần Lao. Ngày 8.4.1966 Nghiệp Đoàn Ký Giả ra thông cáo phản đối việc đốt phá tòa báo Sống.
Ngày 9.4.1966, VN Quốc Dân Đảng Đà Nẵng đã ra thông cáo tố cáo Lực Lượng đã phá trụ sở của họ và bắt đi các đảng viên.
Ngày 10.4.1966, Lực Lượng Tranh Thủ Cách Mạng Đà Nẵng có trang bị súng tiểu liên và lựu đạn đã đến vây đánh giáo xứ Tam Tòa, nhưng bị phản công mãnh liệt nên đành rút lui. Ngày 28.4.1966, Lực Lượng ném lựu đạn vào nhà cha sở xứ Tam Tòa.
Ngày 16.4.1966, vào sáng sớm, ông Chu Tử tức Chu Văn Bình, chủ bút nhật báo Sống, vừa ra khỏi nhà thì bị mấy người đi xe gắn máy bắn nhiều phát. Ngày 17.4.1966, nhiều tổ chức và đoàn thể lên án vụ ám sát Chu Tử, trong số này người ta thấy các giáo sư và sinh viên trường Đại Học Luật khoa Saigòn, Tổng Hội Sinh Viên Saigòn và Đà Lạt, các luật sư, các nhà văn và nhà báo, v.v.  
Ngày 21.4.1966, VN Quốc Dân Đảng họp tại Toà Đô Chánh Saigòn tố cáo các vụ đàn áp các đảng viên tại Đà Nẵng, chê trách chính quyền bất lực và quyết định tự vệ bằng võ lực. Cũng trong ngày này Quốc Dân Đảng Quảng Ngãi biểu tình chống khủng bố và bạo động.
Ngày 22.4.1966, Tỉnh Bộ Đại Việt Quảng Trị lên tiếng phản đối Lực Lượng đã khủng bố các đảng viên của họ.  
Ngày 24.4.1966, giáo dân Công Giáo tại Saigòn, Thủ Đức và Đà Nẵng biểu tình chống khủng bố và bạo động, tố cáo chính phủ nhu nhược và đả đảo Cabot Lodge. 
Ngày 27.4.1966, Lực Lượng Tranh Thủ Cách Mạng ám sát ông Phan Thuyết, Bí Thư Quốc Dân Đảng Đà Nẵng. Giáo dân Đà Nẵng lại tập trung biểu tình ở Thanh Bình phản đối các vụ khủng bố và bạo động của Lực Lượng Tranh Thủ Cách Mạng.
Ngày 2.5.1966, trong khi các đảng viên Quốc Dân Đảng và thanh niên làm lễ truy điệu ông Phan Thuyết bị ám sát thì tại Đà Nẵng, đám tang của ông Phan Thuyết bị các thành phần của Lực Lượng đi xe jeep xả súng bắn làm cho 2 người bị thương nặng. Đồng bào Công Giáo ở Quy Nhơn và Hóc Môn biểu tình chống Lực Lượng Tranh Thủ Cách Mạng.
Ngày 7.5.1966 Lực Lượng Tranh Thủ Cách Mạng ra lệnh cấm bán ở Huế và Đà Nẵng các nhật báo Chính Luận, Tự Do, Thời Luận và Tiền Tuyến vì cho rằng các báo này là của dư đảng Cần Lao. Ký giả Hà Thế Ruyệt của báo Quật Khởi đến săn tin trước Viện Hóa Đạo đã bị rượt đánh bị thương.
Ngày 14.5.1966 tại Saigòn, Lực Lượng Tranh Thủ Cách mạng đã ám sát ông Nguyễn Chữ, một đảng viên VN Quốc Dân Đảng, người đã lên tiếng tố cáo các vụ bắt bớ đảng viên và phá trụ sở của Đảng tại Đà Nẵng.  
Ngày 26.5.1966, Sinh Viên Tô Lai Chánh, Chủ Tịch Tổng Hội Sinh Viên Saigòn bị Lực Lượng Tranh Thủ Cách Mạng bắt cóc. Sinh viên Tô Lai Chánh và Tổng Hội Sinh Viên quyết định không tham gia vào cuộc nổi loạn của Phật Giáo miền Trung nên bị Thượng Tọa Thích Thiện Minh tố cáo đã ăn tiền của chính phủ. Sinh viên Tô Lai Chánh và một số sinh viên đã tuyệt thực phản đối và yêu cầu Thượng Tọa Thích Thiện Minh chứng minh điều ông đã tuyên bố. Sau đó sinh viên Tô Lai Chánh đã bị bắt cóc. Các sinh viên và nhiều đoàn thể lên tiếng phản đối vụ bắt cóc này. Đến ngày 30.5.1966 sinh viên TÔ Lai Chánh mới được thả ra.
Đến giai đoạn này, Thượng Tọa Thích Trí Quang đã khai chiến với các tông phái Phật Giáo khác không đi theo đường lối và chủ trương của ông. Ngày 29.5.1966, ông Mai Thọ Truyền, Hội Trưởng Hội Phật Học Nam Việt, phải viết văn thư yêu cầu Tòa Đô Chánh Saigòn cho nhân viên công lực đến bảo vệ chùa Xá Lợi. Ngày 2.4.1966, trong cuộc biểu tình trước đài phát thanh Saigòn, Lực Lượng của Thích Trí Quang hô to "Đả đảo Thích Tâm Châu" và "Hoan hô Hồ Chí Minh". Ngày 3.6.1966, Thượng Tọa Thích Trí Quang công khai lên án Chính sách ôn hòa của Thượng Tọa Thích Tâm Châu khiến Thượng Tọa này và Thượng Tọa Thích Hộ Giác tức giận tuyên bố từ bỏ các chức trong Viện Hóa Đạo. Thượng Tọa Thích Tâm Châu đã phải ra Vũng Tàu hay vào Trung Tâm Nhu Đạo ở Quang Trung trốn vì sợ bị ám sát.
Về phương thức chống đối, chúng ta thấy nhóm Phật Giáo cực đoan miền Trung đã đi từ chụp mũ "dư đảng Cần lao" đến tố cáo là "tay sai chính quyền", rồi khủng bố, bắt giam, bắt cóc, ám sát, chiếm cơ quan công quyền, v.v. Không một phương tiện nào có thể xử dụng được mà nhóm này không xử dụng. Nhưng rồi cuộc đấu tranh của nhóm Phật Giáo cực đoan miền Trung ngày càng bị dân chúng chán ghét và lên án. Lực Lượng Tranh Thủ Cách Mạng của Thượng Tọa Thích Trí Quang trở nên rối loạn, không còn kiểm soát được, đã mở đường cho chính quyền thanh toán.
CƯỚP CHÍNH QUYỀN
Sau khi đã thỏa mãn tiếng kêu đòi nợ máu của nhóm Thượng Tọa Thích Trí Quang và Võ Đình Cường, Tướng Nguyễn Khánh nghĩ đến việc củng cố địa vị.
Hiến chương Vũng Tàu 
Vốn là một quân nhân thuần túy, Tướng Nguyễn Khánh không có kinh nghiệm về chính trị và nhất là không biết gì đến thủ đoạn và chiêu bài của CS, nên lầm tưởng rằng đưa những người mà Thích Trí Quang đòi nợ máu ra xử bắn hay phạt tù nặng là có thể lấy được lòng của nhóm Phật giáo miền Trung. Tướng Khánh không hiểu rằng "diệt dư đảng Cần Lao" chỉ là một mục tiêu biểu kiến, một chiêu bài để kích động quần chúng. Mục tiêu tối hậu vẫn là cướp chính quyền tại miền Nam VN. Vì thế, sau khi đưa Ngô Đình Cẩn và Phan Quang Đông ra xử bắn và tuyên phạt khổ sai các thành phần bị đòi nợ máu trong danh sách của Thượng Tọa Thích Trí Quang, ông tưởng rằng ông đã được Phật Giáo ủng hộ nên thừa thắng xông lên và kết quả thật thật là thảm hại.
Ngày 16.8.1966, Tướng Nguyễn Khánh cho triệu tập Hội Đồng Quân Đội Cách Mạng tại Vũng Tàu để công bố một bản Hiến Chương mới. Theo Hiến Chương này, sẽ có một Quốc Hội Lâm Thời gồm 100 hội viên dân sự và 50 hội viên quân sự do Hội Đồng Quân Đội Cách Mạng chỉ định. Hội Đồng Quân Đội Cách Mạng vẫn là cơ quan quyền lực tối cao. Hội Đồng Quân Đội Cách Mạng cũng đã chỉ định Tướng Nguyễn Khánh làm Chủ Tịch VN Cộng Hòa.  
Nhiều người vẫn tin rằng tác giả của bản Hiến Chương nói trên là Luật sư Nghiêm Xuân Hồng, Bộ Trưởng Phủ Thủ Tướng của chính phủ Nguyễn Khánh. ông Nghiêm Xuân Hồng là một luật sư có tư cách đàng hoàng, được nhiều người yêu mến, nhưng về phương diện chính trị, ông được xếp vào loại những nhà lập thuyết, hoạch định đường lối và chính sách theo "luận" chứ không theo các sự kiện thực tế nên không thực hiện được. Nhiều người đọc cách hành văn và ý tưởng trong bản tuyên bố do Tướng Nguyễn Khánh đọc tại California năm 1990 đều tin rằng bài đó cũng do Luật sư Nghiêm Xuân Hồng soạn. Đồng bào khó biết được người soạn và người đọc bản tuyên bố đó muốn nói cái gì, vì nó mang màu sắc của một triết thuyết mờ mờ ảo ảo hơn là một đường lối chính trị. 
Hiến Chương vừa được công bố thì tất cả mọi giới trong nước đều lên tiếng chống đối. Các đảng Đại Việt (Nguyễn Tôn Hoàn), Dân Chủ Xã Hội (Trương Bảo Sơn) và Quốc Dân Đảng (biệt bộ Nguyễn Tường Tam) lên tiếng công kích trước nhất, sau đó là Tổng Hội Sinh Viên Saigòn và khối Công Giáo. Tướng Nguyễn Khánh nhìn lại nhóm Phật Giáo đấu tranh ở miền Trung thì nhóm này cũng chống đối luôn. Sinh viên Saigòn là giới làm áp lực mạnh nhất đòi Tướng Nguyễn Khánh phải thu hồi Hiến Chương và thành lập một chế độ dân chủ.  
Ngày 26.8.1964, nghĩa là chỉ 10 ngày sau ngày ban hành Hiến Chương Vũng Tàu, Hội Đồng Quân Đội Cách Mạng phải tuyên bố thu hồi Hiến Chương và thiết lập các cơ chế dân chủ. Quân đội trở về cương vị quân sự. Tạm thời thành lập Ban Lãnh Đạo Lâm Thời Quốc Gia và Quân Lực gồm Tam Đầu Chế : Dương Văn Minh - Trần Thiện Khiêm - Nguyễn Khánh. Chính phủ Nguyễn Khánh tiếp tục đảm nhiệm chức vụ nhưng phải tổ chức Quốc Dân Đại Hội vòng 2 tháng. 
Không còn chính phủ
Lợi dụng cơ hội này, Thượng Tọa Thích Trí Quang tuyên bố không chấp nhận cơ chế tạm thời nói trên và hô hào loại bỏ Chế độ độc tài quân phiệt. Các cuộc bạo động trở nên dữ dội hơn. Miền Trung gần như không còn chính phủ nữa. Hội Đồng Nhân Dân Cứu Quốc do Thượng Tọa Thích Trí Quang điều động đã nổi loạn khắp nơi và làm chủ tình thế ở các tỉnh miền Trung, thay chính quyền cai trị. Ngày 3.9.1964, Tướng Dương Văn Minh và Phó Thủ Tướng Nguyễn Xuân Oánh phải bay ra Huế trấn an phong trào Phật Giáo. Lúc đó Lý Chánh Trung đã viết bài "Loạn để Trị" đăng trên tờ Tìm Hiểu số 2 tháng 10 năm 1964 mô tả giai đoạn này như sau :
"Vì rằng từ mấy tháng nay, nhất là từ cái ngày Hiến Chương Ô Cấp "thành tích duy nhất của ông Khánh sau ngày chỉnh lý" bị đập đổ, người dân miền Nam đã nếm được cái thú vị của tự do. Tự do xuống đường, tự do đập lộn, chém giết, nói láo, bêu xấu. Muốn gì cứ việc xuống đường. Xuống đường là thắng Hoan hô dân chủ. Thật không có cái chính quyền nào nhiều "thiện chí" bằng cái chính quyền này : xun xoe chạy từ nhóm này đến khối kia, vuốt ve hứa hẹn để làm vừa lòng tất cả mọi người.
"Nhưng tội thay, không làm vừa lòng ai cả.
"Nhưng còn chính quyền nữa đâu mà nói ! Ai cầm quyền hiện nay tại miền Nam? Người Mỹ trả lời : ông Nguyễn Khánh, rồi "Ban Lãnh Đạo Lâm Thời Quốc Gia và Quân Lực". Dưới Ban Lãnh Đạo Lâm Thời có một chính phủ "xử lý thường vụ" trong hai tháng (chỉ còn một). Trong chính phủ này, có một ông Phó Thủ Tướng đã bôn đào, 2 ông Tổng trưởng đã chấp nhận từ chức. Dưới nữa ta có các Tổng Giám Đốc, Giám Đốc, Tỉnh Trưởng, Quận Trưởng v.v... Tất cả guồng máy hành chánh vẫn nằm đó, công chức cuối tháng vẫn lãnh lương đều đều. Nhưng chính quyền, ôi chính quyền, mi ở nơi nao? 
"Ở Huế có cái Hội Đồng Nhân Dân Cách Mạng (rồi cứu quốc) mà thành phần chủ yếu là một số giáo sư đại học. Hội đồng này đã cực lực phủ nhận tam đầu chế Minh-Khánh-Khiêm. Thế rồi người ta thấy ông Minh và ông Oánh lẽo đẽo ra Huế để "thỉnh ý" Hội Đồng đó. Hội Đồng thương thuyết tay ngang với Chính Phủ. Tại nhiều Tỉnh miền Trung, những Hội Đồng tương tự được thiết lập và người ta đã chứng kiến những tấn bi hài kịch của những người "dư đảng Cần Lao", đến đầu thú nơi ông Tỉnh thì được ông Tỉnh gởi qua Hội Đồng, đến Hội Đồng thì được trả về ông Tỉnh.  
"Thế thì ai cầm quyền trên đất nước này ? Và dựa vào đâu những cái Hội Đồng đó dám tự xưng là "nhân dân"? Dân nào mà cử các ông ấy?"(15) 
Chính trong thời gian khủng hoảng nói trên, Hội Đồng Nhân Dân Cứu Quốc do Thượng Tọa Thích Trí Quang điều động đã thiêu rụi hai giáo xứ Thanh Bồ và Đức Lợi ở miền Trung, tấn công các cơ sở ấn loát và báo chí của Công Giáo tại Saigòn. Nếu không có sự đối kháng của Khối Công Dân Công Giáo và các tổ chức Công Giáo tự vệ được thành lập tại mỗi giáo xứ, sự thiệt hại sẽ không lường được.
Lá bài Trần Văn Hương
Ngày 8.9.1964, Tướng Nguyễn Khánh ban hành Quyết Định số 7/BLĐQGQ thành lập Thượng Hội Đồng Quốc Gia với nhiệm vụ soạn thảo Hiến Chương, triệu tập Quốc Dân Đại Hội, tổ chức các cơ cấu quốc gia, cố vấn cho chính phủ và Ban Lãnh Đạo Quốc Gia Lâm Thời Quân Lực. Thượng Hội Đồng này gồm đại diện của các tôn giáo và một số nhân sĩ. Về phía Phật Giáo người ta thấy có Mai Thọ Truyền, Ngô Gia Hy, Lê Khắc Quyến, Nguyễn Xuân Chữ, Hồ Đắc Thắng, Nguyễn Đình Luyện và Tôn Thất Hanh.
Sau đó, Tướng Nguyễn Khánh nghĩ ngay đến Giáo sư Trần Văn Hương, một người mà ông tin rằng có thể giúp ông ổn định tình thế vì các lý do sau đây: Giáo sư Trần Văn Hương là người Nam, rất thanh liêm, đã từng vào tù ra khám vì chống chế độ Ngô Đình Diệm. ông được người miền Nam và các tổ chức Phật Giáo miền Nam ủng hộ. ông là người rất cương quyết, không nhượng bộ những hành động phi pháp và bạo động làm mất trật tự công cộng. Như đa số những người Nam, ông không đồng ý đường lối đấu tranh của Thượng Tọa Thích Trí Quang. Dùng ông, những người miền Nam sẽ chống lại cuộc đấu tranh của nhóm Phật Giáo miền Trung.
Ngày 9.9.1964, Giáo Sư Trần Văn Hương được cử làm Đô Trưởng Saigòn thay thế Thiếu Tướng Dương Ngọc Lắm. Tuy là Đô Trưởng nhưng ông được xếp ngang hàng Tổng Trưởng.
Ngày 13.9.1964, Trung Tướng Dương Văn Đức và Thiếu Tướng Lâm Văn Phát kéo quân về Saigòn-Gia Định chiếm đóng một số cơ sở quan trọng như đài phát thanh, Phủ Thủ Tướng ... rồi lên tiếng đả kích Tướng Nguyễn Khánh hèn nhát và mị dân. Tường Đức nhân danh "Hội Đồng Quân Dân Cứu Quốc" tuyên bố vãn hồi trật tự đã bị phá hoại và uy quyền quốc gia đã bị miệt thị. Tướng Đức nói không có đảo chánh, chỉ biểu dương lực lượng. Ngày 19.9.1964, Tướng Đức và các sĩ quan theo Tướng Đức bị cất chức. Các Hội Đồng Nhân Dân Cứu Quốc ở miền Trung lại lộng hành hơn.  
Ngày 20.10.1964 Hiến Chương Lâm Thời được ban hành. Theo Hiến Chương này Quốc Dân Đại Hội có quyền lập pháp và cử Quốc Trưởng. Thủ Tướng do Quốc Trưởng chọn và Quốc Dân Đại Hội chấp thuận.
Ngày 24.10.1964, Thượng Hội Đồng Quốc Gia tuyển nhiệm ông Phan Khắc Sửu làm Quốc Trưởng VN Cộng Hòa theo Hiến Chương ngày 10.10.1964. Tướng Nguyễn Khánh đệ đơn từ chức Thủ Tướng và từ giã chính quyền trở về quân đội. Ngày 31.10.1964, Giáo Sư Trần Văn Hương được cử giữ chức Thủ Tướng.
Sau khi Thủ Tướng Trần Văn Hương lập chính phủ và công bố chương trình hoạt động, các sinh viên tổ chức hội thảo đòi phải hành động mạnh, không chấp nhận chính phủ "chuyên viên". Do sự đòi hỏi của mọi giới, ngày 13.11.1964, Thủ Tướng Trần Văn Hương tuyên bố trước Thượng Hội Đồng Quốc Gia rằng chính phủ phải tái lập uy quyền quốc gia, tách rời chính trị và tôn giáo, đưa tôn giáo ra khỏi chánh trị. Lệnh dẹp các cuộc biểu tình và nổi loạn được ban hành ngay sau đó. Tướng Nguyễn Khánh được cử làm Tổng Tư Lệnh Quân Đội.
Để đối phó với thái độ cứng rắn của Thủ Tướng Trần Văn Hương, Thượng Tọa Thích Trí Quang ra lệnh cho Hội Đồng Nhân Dân Cứu Quốc biểu tình khắp nơi đả đảo chính phủ Trần Văn Hương. Ngày 24.11.1964, Thượng Tọa Thích Tâm Châu gởi văn thư yêu cầu Thượng Hội Đồng Quốc Gia có thái độ đối với Thủ Tướng Trần Văn Hương. ông Hương lại ra lệnh đóng cửa các trường học cho đến khi có lệnh mới và tuyên bố không lùi bước và sẽ dùng mọi cách để tái lập trật tự. Có 228 người biểu tình và gây rối bị bắt.  
Ngày 29.11.1964, Hội Đồng Nhân Dân Cứu Quốc tổ chức đưa đám tang học sinh Lê Văn Ngọc bị chết trong cuộc biểu tình ngày 25.11.1964. Cảnh sát khám thấy chiếc xe NDG.228 trong đoàn hộ tang có chở võ khí liền bắt giam một số người. Các cuộc biểu tình và bãi khoá được tổ chức liên tục, chính phủ ra lệnh đàn áp thẳng tay. Các Thượng Tọa Tâm Châu, Trí Quang, Pháp Tri, Thiện Hoa và Hộ Giác lại bắt đầu tuyệt thực. Viện Hóa Đạo đóng cửa ngưng hoạt động.
Tuy đã giao quyền cho chính quyền dân sự, ngày 18.12.1964 Nguyễn Khánh lại cho thành lập Hội Đồng Quân Lực và ngày 20.12.1964 Hội Đồng này tuyên bố bất tín nhiệm và giải tán Thượng Hội Đồng Quốc Gia vì cho rằng Thượng Hội đồng bị một số tướng lãnh có óc bè phái mua chuộc, gây chia rẽ hàng ngũ quốc gia. Một số thành viên của Thượng Hội Đồng đã bị lưu giữ. Quốc Trưởng Phan Khắc Sửu và chính phủ Trần Văn Hương vẫn được tín nhiệm. 
Tướng Trần Văn Đôn kể lại rằng khi đến Đà Lạt, Tướng Nguyễn Khánh đã than phiền về Thượng Hội Đồng Gia. ông nói Thượng Hội Đồng gồm các tay chân thân tín của Dương Văn Minh, những người này chống lại tất cả những quyết định của ông. ông sẽ về Sai gòn làm đảo chánh để bắt tất cả "những tên phản động" đó. Quả thật, Thượng Hội Đồng gồm nhiều đại diện của phe Thích Trí Quang như Lê Khắc Quyến, Ngô Gia Hy, Tôn Thất Hanh, Nguyễn Xuân Chữ, Nguyễn Đình Luyện, Hồ Đắc Thắng..., phe này luôn tìm cách quấy phá chính phủ Trần Văn Hương nên chính phủ này không làm gì được. 
Bị xát xà phòng 
Nhìn thấy cảnh Thượng Hội Đồng Quốc Gia bị thanh toán như trở bàn tay, ngày 20.12.1964 đại sứ Hoa Kỳ lúc đó là Tướng Maxwell Taylor đã mời Tướng Nguyễn Khánh và một số tướng trẻ đến ăn cơm tối tại nhà Tướng Westmoreland để "xát xà phòng". Trong bữa tiệc này, về phía VN người ta thấy có các tướng Nguyễn Khánh, Nguyễn Văn Thiệu, Nguyễn Cao Kỳ, Nguyễn Chánh Thi và Chung Tấn Cang. Về phía Mỹ có Đại Sứ Maxwell D. Taylor và phụ tá của ông là U. Alexis Johnson. Tướng Taylor đã nói với các tường VN: "Đêm nay, tại nhà của Tướng Westmoreland, tôi nói rõ do các anh rằng Hoa Kỳ không còn muốn dung thứ cho những âm mưu gây ra tình trạng bất ổn nữa." Tướng Taylor tỏ ra khó chịu về việc bắt giữ các thành viên của Thượng Hội Đồng mà không hề hỏi ý kiến của ông ta. ông nói nếu tình trạng này kéo dài, Hoa Kỳ phải nghĩ đến việc cắt viện trợ. 
Bắt chước Ngô Đình Nhu ? 
Tướng Nguyễn Khánh đã tỏ ra tức giận về những lời nói bộc trực của Tướng Taylor. Ngày hôm sau ông tuyên bố với báo chí: "Thà thanh bạch trong độc lập còn hơn tủi nhục trong nô lệ ngoại bang." Sau đó Tướng Khánh ra lệnh phóng thích vợ của Huỳnh Tấn Phát, một lãnh tụ cao cấp của Mặt Trận Giải Phóng Mìên Nam, rồi gởi cho Huỳnh Tấn Phát một bức thư đề nghị liên hiệp. Ngày 28.1.1965, Huỳnh Tấn Phát phúc đáp thư của Nguyễn Khánh, ca tụng Nguyễn Khánh có tinh thần bất khuất, không chịu áp lực của đế quốc và thực dân và đề nghị Nguyễn Khánh cùng các bạn của ông tham gia Mặt Trận Giải Phóng Miền Nam. Nguyễn Khánh ngây thơ về chính trị đến mức không hiểu được Mặt Trận Giải Phóng Miền Nam chỉ là công cụ của Hà Nội và Huỳnh Tấn Phát chỉ là một tên hữu danh vô thực trong Mặt Trận, làm sao quyết định được việc ông đề nghị? Cho đến nay, Tướng Khánh vẫn cho rằng nếu lúc đó ông không bị lật đổ, "Mặt Trận Giải Phóng Miền Nam đã về với mình và đã có hòa bình lâu rồi"! Nguyễn Khánh muốn làm một Ngô Đình Nhu, nhưng tư thế và tầm vóc của ông quá nhỏ bé nên Bắc Việt không muốn nói chuyện.
Luồn gió bẻ măng
Lợi dụng sự căng thẳng giữa Tướng Nguyễn Khánh và Hoa Kỳ, Hà Nội đã chỉ thị các đặc công CS nằm vùng tấn công thẳng vào Hoa Kỳ và thành lập các tổ chức ngụy h lệnh cho Hội Đồng Nhân Dân Cứu Quốc hành động. Ngày 22.1.1965, đoàn biểu tình kéo tới Tòa Đại Sứ Hoa Kỳ ở đường Hàm Nghi, đưa cao các biểu ngữ "Hãy để cho dân tộc VN tự quyết" và đả đảo Hoa Kỳ can thiệp vào nội bộ VN. Sau đó, đoàn biểu tình kéo tới đập phá thư viện Lincoln ở góc đường Lê Lợi và Nguyễn Huệ, trước Tòa Đô Chánh Saigòn. Khoảng 100 người bị bắt. Thủ Tướng Trần Văn Hương phải xin lỗi Tòa Đại Sứ Hoa Kỳ và đọc một bài hiệu triệu quốc dân ý thức trách nhiệm trước tình thế, tránh bạo động và lên án "lũ lưu manh cạo đầu rồi mặc sắc phục tăng ni..." và "những trò khỉ của chúng".
Ngày 23.1.1965, Hội Đồng Nhân Dân Cứu Quốc kéo tới Phòng Thông Tin Hoa Kỳ ở Huế ném đá rồi đốt thư viện với khoảng 5.000 cuốn sách. ông Phó Lãnh Sự Hoa Kỳ tới định chữa cháy thì bị ném đá phải bỏ chạy. Sinh viên đặt rào cản trước các phân khoa đại học không cho sinh viên vào học. Tình hình ngày càng rối loạn hơn.
Quân Đội quay trở lại
Ngày 27.1.1965, Hội Đồng Quân Lực ra tuyên cáo nói rằng Quân Đội đã trao quyền cho lại cho một chánh quyền dân sự, nhưng tình thế ngày càng rối ren hơn nên Quân Đội buộc lòng phải đứng ra lãnh trách nhiệm lịch sử. Hội Đồng uỷ nhiệm cho Tướng Nguyễn Khánh giải quyết các cuộc khủng hoảng và tổ chức Quốc Dân Đại Hội.
Được tin Quốc Dân Đại Hội được thành lập, khối Phật Giáo tỏ vẻ phấn khởi. Nhóm Thượng Tọa Thích Trí Quang tin rằng nếu tổ chức Quốc Dân Đại Hội, phe của ông sẽ nắm đa số và quyết định mọi đường lối của quốc gia. Viện Hoá Đạo đưa ra ngay một thông cáo tuyên bố ngưng các cuộc tranh đấu và ra lệnh trở lại sinh hoạt bình thường. Các lãnh tụ Phật Giáo tự động chấm dứt tuyệt thực.
Hôm 28.1.1965, Hội Đồng Quân Lực ban hành quyết định lưu nhiệm Quốc Trưởng Phan Khắc Sửu và cử Phó Thủ Tướng Nguyễn Xuân Oánh quyền Thủ Tướng.
Thượng Tọa Thích Trí Quang họp báo phân trần: Phật Giáo không muốn chính quyền dung thứ những phần tử xấu thuộc chế độ cũ và đừng coi Phật Giáo là CS. Phật Giáo không chống Mỹ nhưng VN không muốn bị hiểu lầm.
ông muốn tỏ thái độ hòa dịu để dành nỗ lực đạt thắng lợi tại Quốc Dân Đại Hội.
Bất thần không quân Mỹ ném bom miền Bắc ngày 7.2.1965 và những ngày kế tiếp. Hành động đột biến này của Mỹ là yếu tố thứ hai khiến Thích Trí Quang phải ngưng tranh đấu để xét xem những diễn biến mới của tình thế và đợi chỉ thị.
Ngày 15.2.1965, Tướng Nguyễn Khánh, nhân danh Hội Đồng Quân Lực, ban hành quyết định tuyển ông Phan Khắc Sửu làm Quốc Trưởng và Bác Sĩ Phan Huy Quát làm Thủ tướng. Chiều hôm đó Thủ Tướng trình diện thành phần chính phủ, trong đó Trần Quang Thuận làm Bộ Trưởng Xã Hội, Bùi Diễm làm Bộ Trưởng Phủ Thủ Tướng... Chính phủ này được coi là chính phủ Phật Giáo, nên Thượng Tọa Thích Trí Quang không chống chính phủ nữa.
Ngày 19.2.1965, Đại Tá Phạm Ngọc Thảo, Thiếu Tướng Lâm Văn Phát và Nguyễn Bảo Kiếm tổ chức đảo chánh dưới danh nghĩa Lực Lượng Bảo Vệ Dân Tộc, đòi Nguyễn Khánh từ chức trao chính quyền lại cho dân sự. Cuộc đảo chánh bất thành. Thượng Tọa Thích Tâm Châu lên đài phát thanh kêu gọi Phật tử ủng hộ Hội Đồng Quân Lực. Tướng Nguyễn Chánh Thi cho rằng cuộc đảo chánh này do Đại Sứ Maxwell D. Taylor xúi biểu.
Kể từ khi Tướng Nguyễn Khánh chống lại Đại Sứ Taylor, các tướng lãnh nhận thấy phải thay Tướng Khánh mới được Hoa Kỳ ủng hộ, nhưng chưa có cơ hội. Nhân dịp có đảo chánh, Tướng Khánh đang lẩn tránh ở Ba Xuyên, Hội Đồng Quân Lực họp và quyết định cử Trung Tướng Trần Văn Minh làm Tổng Tư Lệnh Quân Đội thay Tướng Nguyễn Khánh và bổ nhiệm Tướng Nguyễn Khánh làm Đại Sứ Lưu Động. 
Mở mặt trận mới : ngụy hòa 
Khi đã có một chính phủ Phật Giáo, Thượng Tọa Thích Trí Quang không chống chính phủ nữa mà mở mặt trận mới: đòi  Mỹ ngưng chiến tranh. Chiến dịch này nhắm chống lại Hoa Kỳ ném bom Bắc Việt và mở rộng hành quân ở miền Nam. 
Ngày 27.2.1965, Thượng Tọa Thích Quảng Liên, Tổng Vụ Trưởng Tổng Vụ Giáo Dục, tuyên bố thành lập Phong Trào Bảo Vệ Hòa Bình và Phong Trào Dân Tộc Tự Quyết, yêu cầu chấm dứt chiến tranh VN và rút quân đội Hoa Kỳ khỏi miền Nam VN.
Nhận diện đây là một tổ chức ngụy hòa do các cán bộ CS nằm vùng giựt dây, các đảng phái quốc gia và các đoàn thể tôn giáo đã phản ứng mạnh mẽ, yêu cầu chính phủ Phan Huy Quát có thái độ dứt khoát đối với các tổ chức ngụy hòa. Ngày 1.3.1965, chính phủ Phan Huy Quát vội vàng tuyên bố : Chỉ nói chuyện hòa bình khi CS chấm dứt xâm lăng. VN Cộng Hòa cương quyết chống lại sự xâm lăng của CS để bảo vệ tự do. Ngày hôm sau, Ngũ Giác Đài tuyên bố tiếp tục ném bom Bắc Việt để ngăn chặn sự xâm lăng của Bắc Việt. Tại VN, chính phủ VN và Tòa Đại Sứ Hoa Kỳ ra một thông cáo chung giải thích rằng phải oanh tạc các cơ sở quân sự ở Bắc Việt vì các cơ sở này yểm trợ cho cuộc xâm lăng miền Nam.
Mặc cho những lời giải thích trên, chiến dịch của Phật Giáo đòi hòa bình vẫn được đẩy mạnh, các truyền đơn ngụy hòa được rải khắp nơi. Khi chiến dịch này lên cao độ, đã có những cuộc tự thiêu để đòi hòa bình: Thích Giác Thành tự thiêu sau Viện Hóa Đạo vì thấy cảnh tang tóc của chiến tranh, Ni cô Thích Huệ Thiên đổ xăng vào người toan tự thiêu tại chùa Từ Vân, Gia Định, nhưng được cứu thoát. Ni cô cho biết muốn tự thiêu vì thấy những đau khổ do chiến tranh gây ra v.v.
Phong trào Bảo Vệ Hòa Bình đã gây khó khăn cho chính phủ Phan Huy Quát. ông phải ra lệnh cho Tổng Nha Cảnh Sát có biện pháp mạnh. Ngày 5.3.1965, Tổng Nha Cảnh Sát ra thông cáo cho đồng bào biết phong trào ngụy hòa do VC giựt giây, tuy có nhiều tên khác nhau, nhưng cùng một mục tiêu : làm suy yếu tinh thần chống Cộng của quân dân miền Nam và gây mâu thuẫn trong hàng ngũ quốc gia. Sau đây là những tên khác nhau của tổ chức này : Ủy Ban Vận Động Hòa Bình, Phong Trào Dân Tộc Tự Quyết, Lực Lượng Tranh thủ Cách Mạng, Lực Lượng Học Sinh Chống Chiến Tranh, Phong Trào Bảo Vệ Hòa Bình Hạnh Phúc Dân Tộc v.v. Điều chắc chắn là Thượng Tọa Thích Trí Quang đã thành lập Lực Lượng Tranh Thủ Cách Mạng, còn Thượng Tọa Thích Quảng Liên thành lập Phong Trào Bảo Vệ Hòa Bình Hạnh Phúc Dân Tộc.
Vì phản ứng của dư luận rất mạnh mẽ, ngày 11.3.1965, Viện Hóa Đạo phải ra thông cáo tuyên bố : Ủy Ban Vận Động Hòa Bình do Thượng Tọa Thích Quảng Liên thành lập với tư cách cá nhân, không liên quan gì đến Viện Hóa Đạo.
Dựa vào thông cáo này, Bộ Nội Vụ công bố danh sách 358 người đã ký tên vào kiến nghị của Ủy Ban Vận Động Hòa Bình: 3 luật sư, 5 bác sĩ và dược sĩ, 5 kỹ sư, 11 ký giả, 20 giáo viên, 22 công chức, 64 buôn bán, 78 lao động, 24 sinh viên, 77 học sinh v.v. Ngày 17.3.1965, Thượng Tọa Thích Quảng Liên tuyên bố từ chức Chủ Tịch Phong Trào. Cảnh sát liền được lệnh bắt một số nhân vật quan trọng trong các tổ chức nguỵ hòa.
Ngày 19.3.1965, ba người thuộc Phong Trào Bảo Vệ Hoà Bình bị trục xuất ra miền Bắc qua cầu Hiền Lương: Bác sĩ thú y Phạm Văn Huyến, Giáo sư Tôn Thất Dương Kỵ và ký giả Cao Minh Chiếm.
Dù đã có hành động biểu diễn như vậy, người ta thấy các tổ chức ngụy hòa vẫn tiếp tục hoạt động. Một Khối Quốc Gia Chống Cộng đã được thành lập. Khối này gồm đại diện Cao Đài, Phật Giáo Hòa Hảo, Công Giáo và Tổng Giáo Hội Phật Giáo hợp thành. Ngày 2.6.1965, do Trung Tướng Nguyễn Thành Phương hướng dẫn, Khối đã đến gặp Quốc Trưởng Phan Khắc Sửu yêu cầu phải thành lập một chính phủ quốc gia chống Cộng và chống trung lập thật sự, giải tán chính phủ Phan Huy Quát vì có nhiều thành phần thân cộng trong chính phủ đã bảo trợ cho các tổ chức ngụy hòa. Một Ủy Ban Liên Tôn mới thành lập lại ra thông cáo tố cáo chính phủ Phan Huy Quát âm mưu ban hành một quy chế hạn chế quyền tự do tôn giáo.
Phong trào chống chính phủ Phan Huy Quát nổi lên khắp nơi. Trước tình thế này, Tổng Nha Cảnh Sát phải ra một thông cáo yêu cầu tất cả những người đã ký tên trong kiến nghị của Ủy Ban Vận Động Hòa Bình phải ra trình diện. Không chịu nổi áp lực, ngày 11.6.1965, Quốc Trưởng Phan Khắc Sửu và Thủ Tướng Phan Huy Quát đều từ chức, trao quyền lại cho Quân Đội. Các tướng lãnh thành lập Ủy Ban Lãnh Đạo Quốc Gia, ban hành Hiến ước mới và cử Tướng Nguyễn Cao Kỳ thành lập chính phủ.
Ngày 24.8.1965, chính phủ Nguyễn Cao Kỳ đưa các thành phần của Ủy Ban Bảo Vệ Hòa Bình và Phong Trào Dân Tộc Tự Quyết ra trước Tòa án Quân sự Mặt Trận xét xử. Những bằng chứng cho thấy nhóm này đã hoạt động cho CS được đưa ra trước tòa. Kết quả tòa tuyên phạt 3 người khổ sai hữu hạn, 12 người bị án tù treo và tha bổng 6 người. Nhưng Thượng Tọa Thích Quảng Liên không bị truy tố!
Khi tình hình chính trị tại miền Nam tiến tới giai đoạn khủng hoảng trầm trọng, Phật Giáo miền Trung đang đẩy mạnh chiến dịch ngụy hòa và bài Mỹ, chính phủ Hoa Kỳ đã cử ông Cabot Lodge trở lại làm Đại Sứ tại VN Cộng Hòa thay thế Tướng Maxwell D. Taylor. ông đến trình ủy nhiệm thư và nhận chức ngày 25.8.1965. Các nhà bình luận chính trị hiểu rằng sứ mạng của ông lần này không phải là để "cứu Phật Giáo" như lần trước, mà là để thanh toán con bài tôn giáo mà Hoa Kỳ đã lỡ dựng lên để làm chiêu bài lật đổ chế độ Ngô Đình Diệm năm 1963. Số phận của con bài Phật Giáo miền Trung đã được định đoạt từ hôm nay.
Ngày 20.10.1965, ông Edgar Hoover, Giám Đốc Cơ Quan Tình Báo Hoa Kỳ tuyên bố CS đang xúi giục biểu tình chống chánh sách Mỹ tại VN và gia tăng các hoạt động phản chiến.
Bằng chứng về hoạt động của CS dưới danh nghĩa các phong trào đòi hòa bình ngụy tạo quá rõ ràng khiến Thượng Tọa Thích Trí Quang không chối cãi được. ông đành chịu im tiếng để cho chính phủ Nguyễn Cao Kỳ hành động. Nhưng ông chuẩn bị và chờ cơ hội để mở một cuộc tấn công mới nhằm cướp chính quyền. 
Ngòi thuốc súng
Khi bị đánh tại miền Nam, nhóm Phật Giáo cực đoan quay về hoạt động tại Vùng Một vì nơi đây có Tướng Nguyễn Chánh Thi che chở cho họ.
Qua việc chính phủ Phan Huy Quát bị lật đổ và các phong trào ngụy hòa bị dẹp tan, nhóm Thượng Tọa Thích Trí Quang nhận ra rằng các tôn giáo và các đảng phái quốc gia là những lực lượng có thể phá vỡ các kế hoạch của ông, nên khi phát động thánh chiến trở lại, trước tiên ông phải cho tấn công ngay vào các tổ chức này dưới danh nghĩa "diệt dư đảng Cần Lao". Các tông phái Phật Giáo miền Bắc và miền Nam tách dần ra khỏi Giáo Hội là một thiệt hại lớn, làm cho lực lượng đấu tranh yếu hẳn đi. Để bù đắp lại, nhóm này đã cố gắng củng cố lại lực lượng ở các tỉnh miền Trung, nhất là trong hàng ngũ sinh viên và quân nhân. Võ Đình Cường biến các Khuôn Bộ Phật Giáo thành những Chi Bộ Phật Giáo giống hệt như tổ chức của Đảng CS.
Đại Tá Nguyễn Chánh Thi lưu vong mới trở về được hai tháng thì được bổ nhiệm làm Tư Lệnh Phó Quân Đoàn dưới quyền của Tướng Nguyễn Khánh. Ông nhận chức ngày 14.12.1964. Chính trong hoàn cảnh này ông đã hợp tác với Tướng Nguyễn Khánh làm cuộc "chỉnh lý" ngày 30.1.1964.
Ngày 14.11.1964 Tướng Nguyễn Chánh Thi đã được Tướng Nguyễn Khánh cử làm Tư Lệnh Vùng I thay Tướng Tôn Thất Xứng. Tướng Dương Văn Minh cũng như Tướng Nguyễn Khánh đều hiểu rõ tính ngang bướng của Tướng Nguyễn Chánh Thi nên muốn đẩy ông đi một vùng xa xôi cho êm chuyện. Vả lại, miền Trung là vùng của Thượng Tọa Thích Trí Quang, một người hay sinh sự. Phải có một tướng ngang bướng như Tướng Thi mới ứng phó được.  Nhưng khi nắm được Tư Lệnh Vùng I kiêm Đại Biểu Chính Phủ tại Miền Trung, Tướng Thi đã dựa vào lực lượng Phật Giáo tại đây để củng cố tư thế và địa vị, còn Thích Trí Quang dựa vào Tướng Thi để tổ chức các cơ cấu địa phương, triển khai phong trào ngụy hòa và bài Mỹ dưới mọi hình thức. Sự liên kết này đã làm các tướng lãnh VN và Hoa Kỳ bực mình.
.Tướng Thi kể lâu rằng Rib Robinson, trùm CIA thời đó, đã đến gặp ông tại văn phòng và báo cho ông biết đã có sự hiểu sai về vai trò của Mỹ ở VN nên nhiều chuyện đáng tiếc đã xẩy ra. Rib Robinson đã nói thẳng với ông những "ghi nhận" của Hoa Kỳ như sau:  
- Tinh thần "chống Mỹ"  mỗi ngày mỗi rõ rệt, cụ thể là phản đối Hội Nghị Honolulu.  
- Khuyến khích dân chúng miền Trung không hợp tác với chính phủ trung ương Saigòn.
- Nhiều lần không tuân hành lệnh Saigòn một cách bướng bỉnh.
Tướng Thi nói rằng ông không chấp nhận bất cứ ai bỏ tiền ra giúp rồi cư xử như quan thầy.(16)
Không thể kéo dài tình trạng trên, ngày 11.3./966 Hội Đồng Tướng Lãnh và Ủy Ban Lãnh Đạo Quốc Gia đã họp 5 tiếng đồng hồ liên tục tại Bộ Tổng Tham Mưu và công bố cho tướng Nguyễn Chánh Thi nghỉ phép đi chữa bệnh mũi tại Hoa Kỳ. Đại Tướng Westmoreland viết cho Tướng Thi một văn thư nói sẵn sàng dành cho ông những phương tiện để đến Hoa Kỳ kiểm tra sức khỏe. Ngày 13.3.1966, Hội Đồng Tướng Lãnh lại tái họp bỏ phiếu với 32 thăm thuận và 4 thăm trắng cho Tướng Nguyễn Chánh Thi nghỉ việc. Thiếu Tướng Nguyễn Văn Chuân, Tư Lệnh Sư Đoàn I, được cử làm Tư lệnh Vùng I thay thế Tướng Thi.
Khi thấy một con gà quan trọng của Phật Giáo bị loại ra khỏi chính trường, Hội Đồng Viện Hóa Đạo họp khẩn cấp và công bố lập trường 4 điểm :  
- Các tướng lãnh có công với cuộc cách mạng phải được trở lại quân đội.
- Các tướng lãnh trở về cương vị quân sự.  
- Lập chính phủ đoàn kết.  
- Bầu cử quốc hội.
Mục tiêu thật sự của bản tuyên bố này là đòi hỏi phải đưa các tướng Phật Giáo trở lại chính quyền. Các cuộc biểu tình lại được phát động để yêu cầu thỏa mãn nguyện vọng của Phật Giáo.
Nhưng nhân lễ nhận chức Thị Trưởng Đà Lạt của bà Nguyễn Thị Hậu vào ngày 19.3.1966, Tướng Nguyễn Cao Kỳ tuyên bố các cuộc xuống đường hay đình công bãi thị chẳng ảnh hưởng gì chính phủ cả. Để đáp lại sự thách đố này, Thượng Tọa Thích Trí Quang và Võ Đình Cường ra lệnh đình công và bãi thị khắp các tỉnh miền Trung, nhất là ở Huế và Đà nẵng. Sinh viên và học sinh ở Huế biểu tình chống Mỹ. Tòa Lãnh Sự và các cơ quan của Mỹ tại Huế phải đóng cửa để đề phòng các vụ phá phách.
Ngày 14.3.1966, Đại Tá Sam Wilson và ông Ted Britton đến hỏi Tướng Thi rằng nếu đưa ông trở về lại Đà Nẵng, có thể ổn định tình hình được không. Tướng Thi trả lời ông không dám hứa. Ngày 15.3.1966, hai Đại Tá Phạm Văn Liễu và Nguyễn Ngọc Loan đưa Tướng Thi ra Đà Nẵng. Ông kêu gọi đồng bào bình tĩnh nhưng Thượng Tọa Thích Trí Quang và Võ Đình Cường không để ý chuyện đó. Vụ cất chức Tướng Nguyễn Chánh Thi chỉ là một cái cớ để phát động đấu tranh trở lại mà thôi, mục tiêu chính vẫn là tiến tới nắm chính quyền bằng áp lực hay bằng quân sự.
Ngày 25.3.1966, Tướng Nguyễn Cao Kỳ tuyên bố các vụ lộn xộn miền Trung gây trở ngại cho việc tiếp tế cho dân chúng và vận tải quân nhu. Sau đó ông lại tuyên bố sẽ dùng biện pháp mạnh để đối phó nếu các vụ lộn xộn tràn lan. Tướng Kỳ cho biết 8 quân nhân tham gia biểu tình đã bị thuyên chuyển.
Ngày 27.3.1966, trong khi 20.000 người biểu tình tại Huế, Linh mục Hoàng Quỳnh, đại diện Khối Công Dân Công Giáo đã đòi hỏi phải lập chính phủ dân sự nhưng không muốn có bạo động. Ông cho rằng tổng tuyển cử ngay lúc này chưa thuận lợi. Phật Giáo Hòa Hảo, một số đảng phái chính trị và tổ chức sinh viên tại Saigòn ra tuyên bố muốn tiến tới một chế độ dân chủ nhưng chống lại các vụ gây xáo trộn.
Mặc cho những lời tuyên bố và phản kháng nói trên, phong trào chống Mỹ được đẩy mạnh cùng một lúc ở Huế và Saigòn. Tại Huế cũng như tại Saigòn, người ta thấy các đoàn biểu tình đưa cao những biểu ngữ: "Down with US Obstruction", "We want Independence", "Nước VN của Người VN", "Người Mỹ gây rối cho Nhân Dân VN", v.v. Thượng Tọa Thích Trí Quang cho rằng hai Tướng Thiệu và Kỳ dám chống lại Phật Giáo là do có Mỹ đứng đằng sau nên phải chống Mỹ.
Ngày 5.4.1966, Bộ Ngoại Giao Hoa Kỳ tuyên bố mong muốn các vụ lộn xộn tại VN phải sớm giải quyết. Các lãnh tụ tôn giáo và chính trị nên hội ý với nhau để sớm có Hiến Pháp dân chủ. Hoa Kỳ không can thiệp vào các vấn đề nội bộ của VN. Mọi giải pháp đều do người Việt tự quyết định.
Phối hợp chiến tranh chính trị với chiến tranh quân sự.
Tại Huế và Đà Nẵng, Thượng Tọa Thích Trí Quang và Võ Đình Cường đã phối hợp với một số cán bộ VC nằm vùng, các chính khách hoạt đầu và một số Phật tử cực đoan làm nồng cốt chỉ huy và thúc đẩy cuộc nổi loạn cướp chính quyền, trong số này người ta thấy có Võ Đình Cường (cán bộ CS), Nguyễn Trực (cán bộ CS), Hoàng Phủ Ngọc Phan (cán bộ CS), Hoàng Phủ Ngọc Tường (cán bộ CS), Tống Hồ Cầm (cán bộ CS), Bùi Hữu Giao, Nguyễn Tường Hiếu (VN Quốc Dân Đảng hệ phái Nguyễn Tường Tam), Thái Đình Quang, Thái Doãn Trinh, Hoàng Phúc, Hoàng Thị Như Mai, Lê Văn Hảo (hiện ở Pháp), Hoàng Ngọc Giàu (cán bộ CS), Lê Tuyên (hiện ở Virginia), Ngô Văn Bằng (hiện ở Mỹ), Ngô Kha (cán bộ CS), Hà Xuân Kỳ (cán bộ CS), Tống Nhạn, Phan Xuân Huy, Nguyễn Đức Nghị, Phạm Thế Mỹ, Nguyễn Văn Hàm (cán bộ CS), Tư Đồ Minh, Nguyễn Vãn Mẫn, Bửu Tôn v.v. Mọi kế hoạch hành động đều do Võ Đình Cường và Nguyễn Trực soạn thảo theo chỉ thị và hướng dẫn của Lê Tự Đồng, Bí Thư Khu ủy và Tư Lệnh Quân Khu Trị Thiên Huế của VC.
Ngày 1.4.1966, Trung Tướng Phan Xuân Chiểu đã ra Huế để dàn xếp các vụ lộn xộn thì bị Thượng Tọa Thích Trí Quang ra lệnh bắt giữ làm con tin, không cho trở về Saigòn. Tướng Thi kể lại rằng chính ông đã can thiệp để Tướng Chiểu được thả ra. Sau đó, các lực lượng quân đội theo phe Thích Trí Quang đứng lên cướp chính quyền ở Huế, Đà Nẵng và Quảng Nam, hô hào dân chúng võ trang chống Thiệu Kỳ. Tại Quảng Trị và Quảng Ngãi, quân đội còn giữ được.
Ngày 2.4.1966, Lực Lượng Tranh Thủ Cách Mạng cho vây Đài Phát Thanh Saigòn, hô khẩu hiệu "Đả đảo Thích Tâm Châu" và "Hoan hô Hồ Chí Minh". 
Ngày 3.4.1966, Tướng Nguyễn Cao Kỳ họp báo tuyên bố coi như Huế và Đà Nẵng đã mất vào tay CS. Bác sĩ Nguyễn Văn Mẫn, Thị Trưởng Đà Nẵng, đã ra lệnh đình công bãi thị để chống chính quyền trung ương và dùng công quỹ tổ chức biểu tình. Chiến dịch bài Mỹ được phát động để ly gián giữa VN Cộng Hòa và Đồng Minh nhằm cô lập VN Cộng Hòa. Tướng Kỳ cho biết sẽ đưa quân đội đến giải phóng Đà Nẵng.
Đại Tá Đàm Quang Yêu, Tư Lệnh Biệt Khu Quảng Đà đứng hẳn về phía Thích Trí Quang. Ông huấn luyện quân sự, cấp vũ khí cho các thanh niên Phật tử và tổ chức họ thành những đơn vị chiến đấu. Một số binh sĩ theo ông đã bỏ ngũ gia nhập lực lượng này. Nhưng Đại Tá Đàm Quang Yêu là một sĩ quan có trình độ kiến thức quá thấp, tính tình lại nông nổi, nóng nảy và cộc cằn nên không đủ khả năng làm được việc lớn và không đoán trước trước được những hậu quả của việc ông đang làm.
Hoa Kỳ ra lệnh tản cư các cơ quan của Hoa Kỳ ra khỏi thị xã Đà Nẵng. Đại Tá Đàm Quang Yêu cho thiết lập các công sự chiến đấu ở các chùa tại Đà Nẵng và hô hào dân chúng dùng mọi phương tiện để chống lại quân đội Thiệu-Kỳ. Trong lúc đó, Tướng Kỳ ban hành quyết định cất chức Bác Sĩ Nguyễn Văn Mẫn và cử Trung Tá Mã Sanh Nhơn, Tỉnh Trưởng Bình Long, làm Thị Trưởng Đà Nẵng.
Ngày 5.4.1966, Tướng Nguyễn Cao Kỳ đích thân dẫn hai tiểu đoàn ra Đà Nẵng hội đàm với Thiếu Tướng Chuân và lên tiếng kêu gọi đồng bào hợp tác với chính phủ. Khi Tướng Kỳ lui về Saigòn thì các tiểu đoàn dù được chuyển tạm vào căn cứ Chu Lai của Hoa Kỳ ở Quảng Tín, gần sát Đà Nẵng. Bác Sĩ Nguyễn Văn Mẫn và khoảng 400 binh sĩ đã kéo đến lập một căn cứ phòng thủ tại chùa Phổ Đà. Khi máy bay lượn trên thành phố rải truyền đơn kêu gọi đồng bào hợp tác với chính phủ để diệt trừ các cuộc nổi loạn do CS giựt dây thì chuông các chùa Phổ Đà, Tỉnh Hội, Vĩnh Hội, Phật Học, Phổ Thiên, Giảng Đường, Vu Lan.. được khua lên inh ỏi. Sau đó là tiếng trống, thùng thiếc, phèng la, mõ.. kêu vang cả thành phố.
Trong lúc tình hình Đà Nẵng căng thẳng thì Thượng toạ Thích Tâm Châu tuyên bố trước 10.000 Phật tử rằng ông vẫn chủ trương tiếp tục đấu tranh ôn hòa và đòi trong 3 tháng phải có chính phủ dân cử và Quốc Hội. Ông sẵn sàng lãnh những viên đạn của những Phật tử quá khích. Một cuộc thương lượng giữa chính phủ và Viện Hóa Đạo được xúc tiến nhanh chóng và có kết quả. Ngày 7.4.1966, Thượng Tọa Thích Tâm Châu kêu gọi Phật tử ngưng các cuộc đấu tranh bằng võ lực ở miền Trung. Để đổi lại, chính phủ hứa sẽ không bắt bớ những người đã đấu tranh võ trang và rút quân ra khỏi Đà Nẵng. Đại Hội Phật Giáo Thế Giới đang họp tại Tích Lan đã lên tiếng ủng hộ lập trường của Thượng Tọa Thích Tâm Châu. Ngày 9.5.1966, Hòa Thượng Tổng Thư Ký Giáo Hội Tăng Già Tích Lan đã gởi cho Thượng Tọa Thích Tâm Châu một văn thư khen ngợi và tỏ ý hoan hỷ khi biết Thượng Tọa đã tránh được cho Phật Giáo một cuộc chiến tranh với chính phủ. Nhưng việc này đã làm cho Thượng Tọa Thích Trí Quang và Võ Đình Cường nổi giận. Thượng Tọa Thích Trí Quang công khai chỉ trích Viện Hóa Đạo và tuyên bố không chấp nhận kết quả do Viện Hóa Đạo công bố, đòi bộ ba Thiệu-Kỳ-Có phải ra đi.
Ngày 8.4.1966, Thượng Tọa Thích Thiện Minh tuyên bố lập "Ủy Ban Tranh Đấu chống Chính Phủ" vì các tướng lãnh, nhất là tướng Nguyễn Văn Thiệu, đã không giữ lời cam kết. Phật Giáo sẽ chống đến cùng, dù phải đổ máu. Khi Thích Thiện Minh công khai tuyên chiến với chính quyền thì Thượng Tọa Thích Trí Quang tuyên bố ngược lại. Ông kêu gọi Phật tử tạm ngưng các cuộc đấu tranh ở Huế và Đà Nẵng để đợi chính quyền giữ lời hứa. Lời kêu gọi này đã làm Thượng Tọa Thích Thiện Minh bực tức vô cùng.
Giữa Thượng Tọa Thích Trí Quang và Thích Thiện Minh không bao giờ có sự đồng ý với nhau, khi trống đánh xuôi thì kèn thổi ngược. Thượng Tọa Thích Trí Quang lo sợ Thượng Tọa Thích Thiện Minh sẽ cướp công đầu sau khi cuộc tranh đấu đem lại thắng lợi nên tìm cách gạt tất cả các tổ chức của Thích Thiện Minh ra một bên. Mặc cho những chỉ thị ngược lại của Thượng Tọa Thích Trí Quang, ngày 19 và 20.4.1966, Thượng Tọa Thích Thiện Minh mở các cuộc thuyết pháp liên tục và tuyên bố Phật Giáo đang bị khiêu khích, có thể có đảo chánh trong tuần tới, trừ khi chính phủ chấm dứt mọi hành động chống đối Phật Giáo.
Ngày 9.4.1966, Tướng Tôn Thất Đính được cử làm Tư Lệnh Vùng I thay thế Tướng Nguyễn Văn Chuân. Hai tướng Nguyễn Văn Thiệu và Nguyễn Cao Kỳ đã năn nỉ Tướng Tôn Thất Đính giải quyết giúp vụ miền Trung vì tin rằng Tôn Thất Đính cũng là một con gà của Phật Giáo, có thể làm công việc đó được Nhưng khi đến Huế, Tướng Đính lại theo phe Thích Trí Quang và chửi hai tướng Thiệu-Kỳ giữa ba quân.
Ngày 17.4.1966, Lực Lượng Tranh Thủ Cách Mạng bắt giữ ông Nguyễn Hữu Chi, Tỉnh Trưởng Quảng Nam và ông Quận Trưởng Hòa Vang cùng một số người được coi là thân chính phủ Nguyễn Cao Kỳ. Tại Đà Lạt, Lực Lượng bắt giữ Đại úy Quân Vụ Thị Trấn, đốt quân xa và đuổi đánh quân cảnh. Quân đội phải nổ súng.
Khi thấy nhóm Phật Giáo cực đoan quá lộng hành, Khối Công Dân Công Giáo và các tổ chức đảng phái đã lên tiếng phản đối một cách mạnh mẽ. Thượng Tọa Thích Liễu Minh thuyết pháp tại Viện Hóa Đạo, khen ngợi thiện chí của chính quyền và yêu cầu Phật tử ngưng các cuộc bạo động, ngưng đòi hòa bình vì chưa đúng lúc. Khối Công Dân Công Giáo biểu tình ở Đà Nẵng, Thủ Đức và Saigòn chống các cuộc bạo loạn ở miền Trung, tố cáo chính phủ nhu nhược và đả đảo Đại Sứ Cabot Lodge. Tổng Hội Sinh Viên Saigòn lập Ủy Ban Bảo Vệ Tổ Quốc và Dân Quyền, chống lại các vụ lộng quyền tại các tỉnh miền Trung.
Ngày 21.5.1966, Lực Lượng Tranh Thủ Cách Mạng cho tung ra tại Huế, Đà Nẵng và Saigòn một loạt truyền đơn thăm dò. Truyền đơn kêu gọi đưa Thượng Tọa Thích Trí Quang ra làm Quốc Trưởng và Trần Quang Thuận làm Thủ Tướng. Truyền đơn này cho thấy rõ mục tiêu và tham vọng của nhóm bạo động. Các cuộc náo loạn tại Huế, Đà Nẵng và Đà Lạt vẫn tiếp tục.
Báo chí Mỹ mở chiến dịch ca tụng Thượng Tọa Thích Trí Quang như là một lãnh tụ chính trị lỗi lạc của VN, có thể trở thành Quốc Trưởng. Mục tiêu của chiến dịch này nhằm thúc đẩy các lực lượng đấu tranh võ trang tiến xa hơn một chút nữa, gây náo loạn và bất mãn trong quần chúng để Tướng Kỳ có lý do xử dụng quân đội đánh dẹp. Cả Thượng Tọa Thích Trí Quang lẫn Võ Đình Cường đều không ý thức được chiến dịch thâm hiểm đó, đã thừa thắng xông lên. Đại Tá Đàm Quang Yêu, Tư Lệnh Biệt Khu Quảng Đà, một đệ tử của Thượng Tọa Thích Trí Quang, đã phối hợp các lực lượng Phật tử do ông huấn luyện và các binh sĩ đào ngũ thành những đơn vị chiến đấu, chiếm thành phố Đà Nẵng, biến hai chùa Tỉnh Hội và Phổ Đà thành hai căn cứ võ trang chống chính phủ. Ở Huế, lực lượng quân sự do Bửu Tôn thành lập đã thu nạp được một số binh sĩ và thanh niên Phật tử lên đến hai tiểu đoàn. Bửu Tôn là Huynh Trưởng Gia Đình Phật Tử ở Huế, không biết gì về quân sự nhưng được Thượng Tọa Thích Trí Quang và Võ Đình Cường tin cậy nên giao cho chỉ huy lực lượng võ trang. Lực lượng này làm chủ tình hình ở Huế, ban hành mọi mệnh lệnh và muốn bắt giam ai cũng được. Bửu Tôn đã nhiều lần đem quân tấn công các giáo xứ Công Giáo tại quận Phú Vang vì cho rằng các giáo xứ đó thân chính quyền. Các giáo xứ này phải tổ chức tự vệ vì Chuẩn Tướng Phan Xuân Nhuận, Sư Đoàn Trưởng Sư Đoàn I và Trung tá Trần Văn Khoa, Tỉnh Trưởng Thừa Thiên kiêm Thị Trưởng Huế, không dám động đến lực lượng của Bửu Tôn. Tướng Nhuận chỉ cho một tiểu đoàn của Sư Đoàn I vào Huế để bảo vệ các cơ sở của Hoa Kỳ.
Cũng như ở Huế, các giáo xứ Công Giáo tại Đà Nẵng tự động võ trang để tự vệ vì chính quyền đã nằm trong tay Lượng Tranh Thủ Cách Mạng. Lực Lượng này đã nhiều mở cuộc tấn công giáo xứ Tam Tòa trong thành phố Đà Nẵng nhưng bị đẩy lui. Thỉnh thoảng lại xẩy ra các cuộc giao tranh trên đường phố giữa lực lượng của Thượng Tọa Thích Trí Quang và các toán tự vệ Công Giáo. Các toán tự vệ này mở rộng phòng tuyến ra các đường Thống Nhất, Quang Trung, Nguyễn Hoàng, Trần Cao Vân, Khải Định, Gia Long, Đống Đa.. để bảo vệ các giáo xứ Thạch Gián, Tam Toà, Thanh Bình, Thanh Bồ và Đức Lợi. Đường dọc theo biển đều do các tự vệ Công Giáo tuần tra nên rất an toàn. Thỉnh thoảng các toán tự vệ Công Giáo phải mở thế công để áp đảo tinh thần làm cho lực lượng của Thượng Tọa Thích Trí Quang không dám bung ra xa, nhờ vậy giáo dân sống an toàn. Kinh nghiệm cho thấy, để đối phó với các nhóm cực đoan này, chỉ có thế công mới ngăn chặn được. Phải làm cho họ thấy rằng đường phố không phải là của họ, muốn làm gì thì làm.
Ngày 30.4.1966, Đại Sứ Cabot Lodge tuyên bố trở về Mỹ thảo luận về tình hình VN. Các nhà bình luận tại Saigòn viết rằng khi một Đại Sứ Hoa Kỳ tuyên bố như vậy thì phải coi như số phận của phong trào Phật Giáo miền Trung đã được quyết định. Sau khi ra lệnh cho các tướng lãnh VN đảo chánh lật đổ chính phủ Ngô Đình Diệm, Đại Sứ Cabot Lodge cũng tuyên bố giống hệt như vậy.
Ngày 15.5.1966, trong khi Cảnh Sát mở cuộc lục soát các trung tâm xuất phát những vụ náo loạn ở Saigòn như trụ sở Thanh Niên Phật Tử, Tổng Liên Đoàn Lao Động... Tổng Thống Thiệu thông báo các cuộc hành quân tái lập an ninh và trật tự ở Đà Nẵng đang được tiến hành. Thiếu Tướng Huỳnh Văn Cao được cử thay thế Thiếu Tướng Tôn Thất Đính làm Tư Lệnh Quân Đoàn I.
Nghe tin Tướng Huỳnh Văn Cao được cử làm Tư Lệnh Vùng I, phe Phật Giáo miền Trung phản ứng mạnh mẽ vì tướng Huỳnh Văn Cao vừa là người Công Giáo vừa là tay chân thân tín của Tổng Thống Ngô Đình Diệm. Đây là một thành phần đang bị Thượng Tọa Thích Trí Quang tìm diệt. Vì thế, khi đến nhận chức tại Đà Nẵng, người ta thấy không có chỗ nào an toàn cho Tướng Huỳnh Văn Cao cư ngụ cả. Ngày 17.5.1966, khi Tướng Huỳnh Văn Cao lên máy bay Hoa Kỳ đi thị sát Quân Đoàn I thì Thiếu úy Nguyễn Trọng Thức nằm trong lực lượng đấu tranh của Phật Giáo đã xả súng bắn nhưng không trúng. Xạ thủ trực thăng Hoa Kỳ đã dùng đại liên bắn lại khiến Nguyễn Trọng Thức chết tại chỗ và 6 binh sĩ khác trong lực lượng đấu tranh bị thương.
Khi Tướng Huỳnh Văn Cao trở lại Saigòn, tôi đến ngay để phỏng vấn ông về tình hình miền Trung. Ông cho biết nếu không có các Cố Vấn Mỹ trong Quân Đoàn đi sát hai bên ông, ông đã bị các binh sĩ thuộc phe tranh đấu ám sát Những ngày ở Đà Nẵng ông phải tá túc trong căn cứ của Hoa Kỳ và đi quan sát bằng trực thăng của Hoa Kỳ. Ông tiết lộ thêm rằng Đại Tá Nguyễn Ngọc Loan, Tổng Giám Đốc Cảnh Sát Quốc Gia, đang chỉ huy các đơn vị Cảnh Sát Dã Chiến đánh chiếm các vị trí trong thành phố Đà Nẵng, cũng có lần định ám sát ông. Sau một cuộc trao đổi, Tướng Loan đã chắp tay vái ông hai vái như một lời xin lỗi trước khi hành động nhưng nhờ các cố vấn Hoa Kỳ che chở nên sự việc đã không xẩy ra. Lúc đó Tướng Cao không cho chúng tôi biết lý tại sao có vụ mưu sát của Tướng Loan, nhưng sau này tìm hiểu thêm, chúng tôi được biết rằng sở dĩ có vụ mưu sát này là Tướng Cao không chấp hành thượng lệnh. Hai Tướng Nguyễn Văn Thiệu và Nguyễn Cao Kỳ đưa Tướng Cao ra Đà Nẵng là để chống lại lực lượng Phật Giáo chớ không phải  thương lượng, trong khi đó Tướng Cao lại chủ trương thương lượng để ngưng chiến. Tướng Kỳ muốn chấm ngay vai trò của Tướng Cao để đưa một tướng khác đến.
Trong vụ này, chúng tôi thấy Tướng Huỳnh Văn Cao có hai lầm lẫn lớn khi nhận đi làm Tư Lệnh Vùng I. Lầm lẫn thứ nhất là không nhận ra dụng ý của hai tướng Thiệu-Kỳ. Hoa Kỳ đang cố tình gài cho phong trào Phật Giáo miền Trung đi quá trớn rồi diệt chứ không muốn thương lượng dây dưa. Thương lượng với nhóm này chỉ mang hậu họa, vì bất cứ lúc nào họ cũng có thể đưa ra mục tiêu mới để nói ngược và làm ngược lại một cách dễ dàng. Cách tốt nhất là thanh toán dứt điểm. Ông không muốn đánh mà chỉ muốn đàm, tức đã đi ngược lại chủ trương của cả hai tướng Thiệu-Kỳ và Hoa Kỳ. Lầm lẫn thứ hai là ông tin tưởng ông có thể thương lượng được với nhóm Phật Giáo cực đoan miền Trung. Ông không ý thức được rằng Thượng Tọa Thích Trí Quang và Võ Đình Cường đều là những thành phần Phật Giáo cực đoan, không bao giờ chấp nhận nói chuyện với ông vì ông vừa là người Công Giáo, vừa là tay chân thân tín của Tổng Thống Ngô Đình Diệm. Ông thuộc vào loại dư đảng Cần Lao gộc đang bị Thượng Tọa Thích Trí Quang tìm diệt, làm sao có thể nói chuyện với nhau được? Nếu cần một người đi thương lượng, chắc chắn hai tướng Thiệu và Kỳ đã không dùng ông. Ông được trở về Saigòn an toàn là cả một sự may mắn.
Xác chết của Thiếu úy Nguyễn Trọng Thức đã được đưa về Huế và được rước đi trên đường phố để kích động Phật tử và binh sĩ chống chính phủ và nhất là chống Tướng Công Giáo Huỳnh Văn Cao.
Năm tiểu đoàn Thủy Quân Lục Chiến được chở bằng phi cơ ra Đà Nẵng đã mở cuộc hành quân chớp nhoáng tái chiếm thành phố Đà Nẵng, đài phát thanh và làm chủ tình thế. Lực Lượng Phật Giáo rút về đóng trong hai chùa Tỉnh Hội và Phổ Đà. Một đơn vị Thủy Quân Lục Chiến kẻo tới vây Chùa Phổ Đà, đòi thả 17 binh sĩ bị bắt. 14 binh sĩ được trả về với đầy đủ võ khí. 
Thích Trí Quang kêu cứu Hoa Kỳ!
Khi tình hình bắt đầu nguy ngập, ngày 15.5.1966, từ Huế, Thượng Tọa Thích Trí Quang đã gởi một điện văn nhờ Tổng Thống Johnson can thiệp. Ông vẫn tin rằng Hoa Kỳ sẽ ủng hộ Phật Giáo như đã ủng hộ trong thời kỳ chống chính phủ Ngô Đình Diệm. Trong điện văn này ông kêu gọi "Chính phủ Hoa Kỳ cần tìm cách ngăn chặn cuộc đàn áp Phật Giáo VN". Ngày 17.5.1966, Tổng Thống Johnson đã tuyên bố với báo chí rằng ông và chính phủ Hoa Kỳ sẽ ủng hộ quân đội VN Cộng Hòa để quân đội này có vai trò trọng yếu trong chính phủ tương lai. Ông kêu gọi Quân Lực VN Cộng Hòa chấm dứt nhanh chóng các vụ các vụ xâu xé nội bộ để chống cộng và thực hiện dân chủ. Sau đó Ngoại Trưởng Dean Rush đã thông báo cho Thượng Tọa Thích Trí Quang biết Hoa Kỳ không thể can dự vào các vấn đề thuộc chủ quyền của VN và cũng không nhúng tay vào các vụ đàn áp đối lập của Tướng Kỳ. Ông khuyên nên tập trung mọi nỗ lực vào việc chống Cộng.
Ngày 20.5.1966 Thượng Tọa Thích Trí Quang lại lên tiếng kêu gọi Tổng Thống Johnson can thiệp gấp. Ông yêu cầu Thủy Quân Lục Chiến Hoa Kỳ có hành động, nếu không sẽ cho Lực Lượng Tranh Thủ Cách Mạng phá phi trường Đà Nẵng. Không nghe Hoa Kỳ trả lời gì, ngày 22.5.1966 ông ra lệnh cho Lực Lượng bắn phá phi trường Đà Nẵng. Một phi cơ Hoa Kỳ bị hư hại và một số binh sĩ Hoa Kỳ bị thương. Nhiều phi cơ Mỹ phải bay đến các căn cứ khác. Các căn cứ quân sự Mỹ được lệnh nổ súng nếu bị tấn công.
Dùng áp lực quân sự không có kết quả, ngày 25.5.1966, Thượng Tọa Thích Trí Quang lại lên tiếng yêu cầu Tổng Thống Johnson và Quốc Hội Hoa Kỳ ngưng yểm trợ cho chính phủ Nguyễn Cao Kỳ!
Đà Nẵng được giải thoát
Tướng Dư Quốc Đống đã được phái đến Đà Nẵng để chỉ  huy chiếm lại thành phố. Ngày 18.5.1966, Tướng Nguyễn Cao Kỳ đã yêu cầu Viện Hóa Đạo kêu gọi các tăng sĩ ở Đà Nẵng đừng chứa chấp các lực lượng đấu tranh trong chùa hoặc rời khỏi hai chùa Tỉnh Hội và Phổ Đà gấp.
Ngày 20.5.1966, chính phủ Nguyễn Cao Kỳ ra lệnh cho các tướng Nguyễn Chánh Thi và Tôn Thất Đính phải ra trình diện đồng thời đòi hỏi Chuẩn Tướng Phan Xuân Nhuận, Tư Lệnh Sư Đoàn I, phải dứt khoát tư tưởng, không thể đứng giữa được.
Ngày 22.5.1966 cuộc tấn công vào hai chùa Tỉnh Hội và Phổ Đà bắt đầu. Chỉ trong một thời gian ngắn, khoảng 600 binh sĩ và thanh niên Phật tử tử thủ ở chùa Phổ Đà và các vùng lân cận đã ra đầu hàng, 30 nhà báo bị bắt giữ làm con tin đã được giải phóng. Tại chùa Tỉnh Hội, các binh sĩ và thanh niên Phật tử cũng chịu buông súng, 4 phóng viên của hai hãng thông tấn UPI và AP đã được giải thoát. Hơn 1.000 khẩu súng các loại được tìm thấy trong chùa Tỉnh Hội và 30 xác chết đã sình thối. Bác Sĩ Nguyễn Văn Mẫn bị bắt đưa vào Saigòn. Báo cáo sơ khởi cho biết đã có 76 người chết. Thiếu Tướng Tôn Thất Đính theo một số tàn quân chạy ra Huế.
Huế kháng cự vô vọng
Thanh toán xong Đà Nẵng, lực lượng Nhảy Dù và Thủy Quân Lục Chiến tiến ra Đà Nẵng bằng đường bộ qua đèo Hải Vân. Lực lượng của Bửu Tôn phục kích hai bên quốc lộ 1. Bửu Tôn cho thành lập một Tiểu Đoàn Quyết Tử lấy tên là Tiểu Đoàn Nguyễn Trọng Thức để cố thủ ở Huế. Trung Tá Trần Văn Khoa đem chừng 1.000 quân trung thành với chính phủ về đóng ở Quận Hương Thủy. Nhưng khi các đơn vị Nhảy Dù và Thủy Quân Lục Chiến tiến vào Huế thì Tiểu Đoàn Quyết Tử bỏ súng chạy. Quân Đội chiếm thành phố Huế một cách dễ dàng.
Ngày 31.5.1966, Tướng Hoàng Xuân Lãm được cử làm Tư Lệnh Vùng I thay thế Tướng Huỳnh Văn Cao. Trung tá Trần Văn Khoa đem quân về lại Huế, công bố lệnh giới nghiêm và yêu cầu Lực Lượng Tranh Thủ của Thượng Tọa Thích Trí Quang đem vũ khí đến nạp. Bửu Tôn đầu hàng và đem 520 võ khí các loại ra giao nạp. An ninh tại Huế đã được tái lập. Bộ Tư Lệnh Sư Đoàn I rút khỏi Huế.
Lá bài chót : cho bàn thờ xuống đường
Khi mặt trận quân sự hoàn toàn thất bại, ngày 6.6.1966 Thượng Tọa Thích Trí Quang ra lệnh cho Phật tử đem bàn thờ xuống đường và phát động chiến dịch tự thiêu. Ni cô Thích Nữ Thanh Quang tự thiêu ở chùa Diệu Đế (Huế), cô Hồ Thị Châu tự thiêu ở Viện Hóa Đạo, nữ sinh Nguyễn Thị Vân tự thiêu ở chùa Thành Nội (Huế), Ni cô Thích Nữ Bảo Luân tự thiêu ở Viện Hóa Đạo, một em học sinh 15 tuổi tự thiêu ở Qụảng Trị v.v. Thượng Tọa Thích Trí Quang tin rằng Quân Đội không dám đụng đến bàn thờ và chiến dịch tự thiêu sẽ làm thế giới rúng động như năm 1963, nhưng ông lầm. Tướng Kỳ đã ra lệnh cho Cảnh Sát Dã Chiến và Thuỷ Quân Lục Chiến xúc tất cả bàn thờ ở Huế cũng như Saigòn. Ngày 3.6.1966, phát ngôn viên của Tòa Đại Sứ Hoa Kỳ tại Saigòn lên tiếng xác định : Đang có chiến dịch bạo động và tự thiêu nhằm áp lực chính phủ Hoa Kỳ can thiệp vào nội bộ VN, nhưng chính phủ Hoa Kỳ vẫn tiếp tục giữ thái độ bất can thiệp như cũ.
Xử dụng tất cả mọi phương thức vẫn không đem lại kết quả, Thượng Tọa Thích Trí Quang đành ngồi tuyệt thực. Trong khi đó, Thượng Tọa Thích Tâm Châu dẫn một Ủy Ban Phật Giáo mới thành lập gồm 6 người đến Dinh Gia Long gặp Ủy Ban Lãnh Đạo Quốc Gia để thương thuyết. Ông yêu cầu Phật tử ngưng các cuộc đấu tranh để cùng chính quyền tổ chức các cơ cấu dân chủ, nhưng hai Thượng Tọa Thích Thiện Minh và Thích Trí Quang đều phản đối. Ngày 17.6.1966, An Ninh Quân Đội đã bắt vợ của Giáo Sư Lê Tuyên cùng một sinh viên tranh đấu ở Huế và đưa Thượng Tọa Thích Trí Quang lên máy bay về Saigòn cho ở Bệnh Viện Duy Tân của Bác Sĩ Nguyễn Duy Tài để chữa bệnh và bảo vệ. Ngày 22.6.1966, Giáo Sư Lê Tuyên ra trình diện và bị bắt đưa vào Saigòn.
Kết quả cuộc tái chiếm Huế : 7 binh sĩ bị thương, tạm giữ 190 quân nhân ly khai, 109 công chức và 35 cảnh sát tham gia Lượng Lượng Tranh Thủ Cách Mạng.
Tướng Nguyễn Chánh Thi cho biết trong cuộc đánh chiếm Đà Nẵng và Huế nói trên đã có tất cả 242 người vừa chết bị thương.
Ngày 26.6.1966 Thượng Tọa Thích Trí Quang "tuân lệnh của Đức Tăng Thống" đã ngưng tuyệt thực.
Ngày 27.6.1966 Tướng Nguyễn Cao Kỳ họp báo tại Huế nói : "Công nhận được làm vua thua làm giặc nhưng không công nhận được làm vua, thua thì hòa".
Giáo sư Lê Tuyên bị bắt tại Huế ngày 21.6.1966, đã tuyên bố trong cuộc họp báo ngày 24.6.1966 tại Saigòn rằng Thượng Tọa Thích Trí Quang mới là người chủ động, ông chỉ là người thừa hành mà thôi.
Một vụ truy tố và xét xử kỳ lạ
Mãi đến 19.12.1967, khi Giáo Hội Phật Giáo VN Thống Nhất đã bị bể ra làm hai, nội bộ tranh chấp nhau, không còn khả năng quấy phá nữa, vụ nổi loạn tại miền Trung mới được đưa ra xét xử trước Tòa án Quân Sự Mặt Trận Biệt Khu Thủ Đô và Vùng III Chiến Thuật. Có tất cả 26 bị cáo được đưa ra tòa, trong đó có Đại Tá Đàm Quang Yêu, Đại Tá Nguyễn Văn Mô và Bác Sĩ Nguyễn Văn Mẫn và Giáo Sư Lê Tuyên. Các bị cáo bị truy tố về tội xâm phạm an ninh quốc gia và tội phản nghịch chiếu theo các điều luật sau đây :
- Điều 4 đoạn 1 Dụ số 47 ngày 21.8.1956.
- Điều 1 đoạn và điều 11 Luật số 10/59 ngày 6.5.1959.  
- Điều 59-60 Bộ Hình Luật Canh Cải.
Hồ sơ nội vụ và bản cáo trạng cho thấy tội phạm của các bị cáo đã quá hiển nhiên, không có gì phải tranh luận. Các luật sư chỉ cãi chày cãi cối giúp vui cho phiên tòa mà thôi.
Chúng ta hãy nghe Luật Sư Võ Văn Quan kể lại chuyện ông biện hộ cho Bác Sĩ Nguyễn Văn Mẫn:
"Tôi vô khám Chí Hòa tiếp xúc với bác sĩ Mẫn sau khi đã xem hồ sơ tại Phòng Lục Sự của Tòa Quân sự ở bến Bạch Đằng. Tôi không được quen với bác sĩ Mẫn và trong vụ này tôi liên lạc với Thượng Tọa Trí Quang nhiều hơn là với ông, nên tôi không còn nhớ hình dáng của bác sĩ Mẫn. Một chuyện đặc biệt này tôi còn nhớ rõ. Lần đó, bác sĩ Mẫn rất dè dặt trong khi bàn luận với tôi. Tôi nói với ông rằng phương pháp làm việc của tôi là nhờ thân chủ làm một tờ mémoire kể đầy đủ chi tiết về những sự kiện đã xảy ra và những lý lẽ mà thân chủ muốn tôi căn cứ vào để biện hộ. Như vậy tôi có tài liệu cần thiết để nghiên cứu và thảo luận với thân chủ về chiến thuật sẽ cùng nhau xử dụng trước Tòa. Bác sĩ Mẫn dè dặt bảo tôi ông cần suy nghĩ có nên làm một tờ trình bày trường hợp của ông để giao cho tôi hay không. Tôi thông cảm rằng đối với ông dầu sao tôi cũng chỉ là một người lạ, một luật sư không phải do ông hay người nhà của ông chọn, tức nhiên ông ngần ngại không dám tiết lộ những bí mật của ông. Ông đồng ý để rồi bàn việc này lại với "Thầy".
Tôi điện thoại đến nhà Giao (tôi không biết số điện thoại của Thượng Tọa, dầu biết, tôi cũng không gọi tới vì chắc chắn điện thoại bị công an nghe lén). Tôi nhờ Giao thuật chuyện này lại với Thượng Tọa. Mấy hôm sau, Giao đem đưa cho tôi lá thư gởi cho bác sĩ Mẫn, vắn tắt có mấy chữ:
"Anh Mẫn,
Làm mémoire đi.
Ông già." 
Nét chữ cũng rắn rỏi như cái mệnh lệnh. Chừng đó tôi mới biết rằng trong giới thuộc hạ của ông tiếng lóng để ám chỉ ông là "Ông Già".
Tôi trở vô khám Chí Hòa đưa lá thư-cái mệnh lệnh- đó là (cho?) bác sĩ Mẫn. Ông liền hẹn tôi hôm sau sẽ có tờ mémoire ngay. Ông già oai thật!
"Phiên Tòa xử các bị can trong vụ gọi là biến động miền Trung này cũng rất náo nhiệt, phóng viên quốc nội và quốc tế đều theo dõi khá đông. Một diễn tiến tôi còn nhớ là Thượng Tọa Trí Quang nhờ tôi đưa một văn thơ của ông cho ông Chánh Thẩm. Để chắc chắn rằng nội dung văn thơ ấy được phổ biến, nên trước khi trao, tôi lớn tiếng đọc trước Tòa. Trong thơ, Thượng Tọa tuyên bố sẵn sàng ra Tòa khai rõ về những việc đã xảy ra tại miền Trung và đảm nhận tất cả trách nhiệm vì chính ông lãnh đạo cuộc tranh đấu ấy.
Dĩ nhiên Tòa không mời Thượng Tọa Trí Quang ra làm nhân chứng để ông không dùng phiên Tòa làm diễn đàn chánh trị. Còn truy tố ông, nếu "họ" dám thì đã làm từ lâu.
Dầu sao, tôi cũng xử dụng lời lẽ trong văn thơ đó trong sự biện hộ của tôi.
Được Tòa trao lời, tôi trình bày đại khái như sau.
Điều hiển nhiên là các bị can tranh đấu đòi phải thành lập Quốc Hội Lập Hiến, Quốc Hội này thảo Hiến Pháp làm nền tảng pháp lý cho các cơ quan lãnh đạo quốc gia thành hình sau một cuộc bầu cử. Không ai có thể bảo rằng đòi hỏi ấy là yêu sách không chánh đáng, bất hợp pháp. Chính những người tìm cách lẩn tránh, không chịu đáp ứng sự đòi hỏi ấy, mới là người hành động bất chánh...
Nếu đó là một cái tội thì tại sao Thượng Tọa Thích Trí Quang, người lãnh đạo sự tranh đấu ấy, người đã gởi văn thư xác nhận phân minh trước Quí Tòa rằng ông lãnh đạo sự tranh đấu, lại không bị truy tố?
Người lãnh đạo, kẻ chủ mưu không bị truy tố thì tại sao những người chỉ có đi theo sự lãnh đạo ấy lại bị truy tố?
Tôi xin Quí Tòa tha bổng các bị can."(17)
Những điều Luật Sư Võ Văn Quan nêu ra để biện hộ như mục tiêu tranh đấu là chánh đáng hay tại sao không truy tố người chủ mưu... đều không phải là những yếu tố luật định có thể gỡ tội hay giảm khinh cho các bị cáo. Tướng Lê Quang Vinh bị Tòa án Quân Sự tuyên phạt tử hình ngày 4.7.1956 cũng đã bị truy tố và xét xử về các tội tương tự. Nhưng ai cũng biết rằng Tòa án Quân Sự Mặt Trận là một toà án chính trị, không xử theo luật mà xử theo lệnh nên Luật sư Võ  Quan mới đưa chính trị vào pháp đình để giỡn chơi với toà. Kết quả, ngày 22.12.1967, sau khi nghị án, Tòa tuyên phạt hai Đại Tá 10 năm khổ sai, một sĩ quan và Bác Sĩ Mẫn 10 năm tù ở, 21 bị cáo được tha bổng. Chỉ ít lâu sau Bác Sĩ Mẫn và sĩ quan nói trên được ân xá, nhưng không thể trở lại binh nghiệp nữa.
VC KIỂM ĐIỂM THÀNH QUẢ
Khi cuộc nổi loạn của Phật Giáo miền Trung do Thượng Tọa Thích Trí Quang và Võ Đình Cường trực tiếp lãnh đạo từ 1964-1966 đã bị đánh bại, Khu ủy và Quân Khu Trị-Thiên-Huế đã làm một bản kiểm điểm về những thành quả thu được và những khuyết điểm đưa đến thất bại. Tài liệu này được in trong cuốn "Chiến trường Trị-Thiên-Huế Trong Kháng Chiến Chống Mỹ Cứu Nước Toàn Thắng" do Ban Tổng Kết Chiến Tranh Chiến Trường Trị-Thiên-Huế biên soạn, nhà xuất bản Thuận Hóa ở Huế xuất bản năm 1985.
Những thắng lợi thu được
Bản kiểm điểm đã mở đầu bằng phần nhận định tổng quát như sau:
"Thắng lợi của cuộc đồng khởi cuối năm 1964 và đầu năm 1965 đã giáng một đòn nặng nề vào quốc sách "ấp chiến lược" của địch đánh dấu một sự thất bại trong chiến tranh đặc biệt của đế quốc Mỹ ở Trị-Thiên-Huế".
Về phần thắng lợi trong chiến dịch chống Mỹ, Thiệu-Kỳ và đòi hòa bình của Thượng Tọa Thích Trí Quang và Võ Đình Cường, bản tường thuật viết như sau:
"Ở thành phố Huế, dấy lên một phong trào đấu tranh chống Mỹ của quần chúng khá sôi nổi và quyết liệt, cùng với phong trào ly khai của Sư Đoàn 1 ngụy. Phong trào đã kéo dài trong 3 tháng 4, 5, 6-1966. Quần chúng xuống đường đòi hòa bình, chống chiến tranh với khẩu hiệu đòi lật đổ Thiệu Kỳ. Cả Huế vùng lên, học sinh bãi khóa, tiểu thương bãi chợ, công chức bãi việc, quần chúng tổ chức tuần lễ tẩy chay quân Mỹ. Cuộc đấu tranh đã hình thành một mặt trận rộng rãi, thành phong trào liên minh hành động có tính chất bạo lực chống Mỹ và tay sai giữa nhân dân lao động và Sư Đoàn 1 ngụy, đòi ly khai khỏi ngụy quyền Saigòn. Sinh viên Huế lập đội sinh viên quyết tử, học sinh lập đội xung kích, giáo chức tổ chức lực lượng chống đàn áp. Hàng trăm sinh viên được điều động đi học quân sự, các chị tiểu thương chợ Đông Ba, nữ sinh Đồng Khánh đi làm cứu thương tiếp tế cho quyết tử quân v. v...
Nguyên nhân thất bại
Sau khi nêu lên những thắng lợi thu được, bản kiểm điểm nói về nguyên nhân cuộc đấu tranh của Phật Giáo miền Trung đi đến thất bại như sau :
"Trong tháng 5-1966 cả thành phố Huế hầu như hỗn loạn, ngụy quân ngụy quyền bị tê liệt. Nhưng do tương quan lực lượng không cân xứng và sự lãnh đạo trực tiếp của ta chưa đủ mạnh, địch đưa quân đến đàn áp khốc liệt và dìm phong trào vào bể máu. Các đơn vị ly khai đầu hàng, lực lượng Phật Giáo tan rã, cơ sở của ta trong phong trào một số bị bắt, một số rút vào bí mật Phong trào kéo dài được 96 ngày". 
"Trong cán bộ lãnh đạo một thời gian dài có tư tưởng hữu khuynh rất nặng. Do tư tưởng hữu khuynh nên trong lãnh đạo thiếu tinh thần tấn công mạnh mẽ và liên tục, chưa mạnh dạn phát động chiến tranh nhân dân, giành thắng lợi từng bước, và một khi đã dành được thắng lợi thì lập tức củng cố thắng lợi và tiếp tục tiến công địch, đập tan mọi phương sách đối phó của chúng, kiên quyết đưa phong trào tiến lên".(18)
Xét về nguyên nhân thất bại, phần thứ nhất bản kiểm điểm nói đúng, nhưng phần thứ hai có tính cách cường điệu. Với lực lượng Quân Lực VN Cộng Hòa thời đó, không một tổ chức chiến tranh nhân dân nào do các Khu ủy phát động có thể tồn tại được, nhất là khi cuộc chiến tranh đó bị đa số lên án. Lúc đầu Võ Đình Cường và Thích Trí Quang lấy "dư đảng Cần Lao Thiên Chúa Giáo" làm chiêu bài kích động Phật tử, nhưng về sau chính chiêu bài đó lại trở thành một đối lực không vượt qua được. Chiến tranh nhân dân bao giờ cũng chỉ là phương tiện phá rối hay tạo điều kiện cho một biến cố xẩy ra. Coi chiến tranh đó như một yếu tố quyết định thắng lợi là sai lầm.
Đến đây, nhóm Phật Giáo cực đoan miền Trung không chối cãi được rằng phong trào tranh đấu của Phật Giáo từ 1963 đến 1966 không phải do CS chỉ đạo. Chính Khu ủy Trị-Thiên-Huế của VC đã công khai xác nhận điều đó. Mục tiêu tranh đấu là mục tiêu của VC. Phương thức tranh đấu là phương thức của VC. Một số đông đảo các cán bộ VC đã nằm trong phong trào để chỉ huy. Như vậy không có chuyện chụp mũ nhóm Phật Giáo miền Trung cực đoan là tay sai của CS. 
"Moi tuổi con mèo, sinh đêm 29 tết, số sung sướng nhàn hạ, thường được người khác làm sẵn cỗ cho mình hưởng!"

Tướng Dương Văn Minh thường nói với bạn bè như vậy. Nhưng cái cỗ sau cùng thiên hạ mới soạn xong, ông chưa kịp ngồi vào bàn thì đã bị đá hất tung lên.
Cuốn "30 tháng 4" của VC xuất bản năm 1985 cho biết toàn bộ tham mưu của Dương Văn Minh do khối Phật Giáo Ấn Quang đưa vào đều là cán bộ CS nằm vùng gồm Trương Lộc, Hoàng Thái Nguyên, Nguyễn Ngọc Thạch, Hoàng Phương Minh, Kỳ Nhân, Cung Văn... Tất cả nhóm này họp thành "Bộ biên tập bí mật" của tờ Điện Tín, do Hà Bá Cang, tức Đinh Bá Thi (Đại sứ Hà Nội tại LHQ sau này) chỉ huy, đặt trực thuộc Ban An Ninh T4. Nhóm này đã liên lạc với phái đoàn VC trong trại Davit và thúc Dương Văn Minh đầu hàng.